| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_32 | = 1640 | 0 (0.000) | 256 (0.720) +TTCTTCGAAACTTTGTTTAGTTTTGAGAGGTCTAACTCTCAATTTAATAA |
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| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_7 | = 137493 | 174 (1.080) | noncoding (69/71 nt) | rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE | tRNA‑Gly‑TCC | |||||
Only 100 of 467 total aligned reads displayed.
ACCCTTAGCAGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTGGTTTTACCACTAAACTATACCCGCAGAATACAGATATGGCGCGGGACGGAATCGAACCGCCGACACATGGAGCTTCAATCCATTGC > TrimmedAssembly_T66_contig_7/137363‑137623 | aCCCTTAGCAGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTa < 2:2066740/136‑1 (MQ=255) cAGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGaa > 1:663215/1‑135 (MQ=255) cAGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGaa > 2:773338/1‑135 (MQ=255) cAGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGaa > 1:2523950/1‑135 (MQ=255) cAGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGaa > 2:1166478/1‑135 (MQ=255) cAGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGaa > 2:1260468/1‑135 (MQ=255) cAGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGaa > 1:1339968/1‑135 (MQ=255) cAGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGaa > 2:2512061/1‑135 (MQ=255) aGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTCTAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATc > 2:2367783/1‑136 (MQ=255) ggCACCTCTTCAGCCACTTGTGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGTATTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATc < 1:1806684/133‑1 (MQ=255) cACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGAc < 2:1380373/135‑1 (MQ=255) aCCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGCACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCACAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTc > 2:331236/1‑136 (MQ=255) aCCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTc > 1:2445681/1‑136 (MQ=255) ccTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTc > 1:2264141/1‑135 (MQ=255) ctTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGa < 2:226869/136‑1 (MQ=255) cTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCtt < 2:1902048/136‑1 (MQ=255) tGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTgg > 2:1521573/1‑136 (MQ=255) ggttccaatgggccTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttc > 1:443375‑M2/7‑92 (MQ=255) tccattggggcTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGATTATGAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacatagtttcga > 1:1896243‑M2/6‑89 (MQ=255) tccaatggGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcga > 1:2302601‑M2/4‑89 (MQ=255) tccaatggGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcga > 2:1598044‑M2/4‑89 (MQ=255) cAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTgg > 2:1957206/1‑134 (MQ=255) 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ggCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATTGGCCCAAAAAACGCttattaaattgatagttataactctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtg < 1:928428‑M2/136‑55 (MQ=255) ggCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtg < 1:1004052‑M2/136‑55 (MQ=255) tAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTGGTGTTACCACTaa > 1:712598/1‑135 (MQ=255) aaaTGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggt < 1:1270429‑M2/136‑60 (MQ=255) aTGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTGGTTTTACCACTAAACta < 1:2395466/136‑1 (MQ=255) aTGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTGGTTTTACCACTAAACta < 2:412601/136‑1 (MQ=255) cTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTGGTTTTACCACTAAACTATAcc < 1:2023357/135‑1 (MQ=255) tGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattatattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaat < 2:1565859‑M2/136‑69 (MQ=255) tGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaat < 2:2444824‑M2/136‑69 (MQ=255) tGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaat < 2:930100‑M2/136‑69 (MQ=255) tGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaa < 2:832374‑M2/75‑8 (MQ=255) tGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaa < 2:2150360‑M2/75‑8 (MQ=255) gAACCATCGACCTCACGCTTATCAGTCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagattcgaagaatgtgtaggtttccgtaata < 1:1228442‑M2/136‑70 (MQ=255) cATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatatt < 1:113839‑M2/134‑72 (MQ=255) cATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatatt < 1:2207122‑M2/134‑72 (MQ=255) cATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatatt < 1:2219669‑M2/134‑72 (MQ=255) cATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTGGTTTTACCACTAAACTATACCCGCAGAAt > 2:517574/1‑136 (MQ=255) aCCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatattccttaga < 1:1052417‑M2/136‑79 (MQ=255) aCCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatattccttaga < 1:81217‑M2/136‑79 (MQ=255) aCCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatattccttaga < 2:2253820‑M2/136‑79 (MQ=255) aCCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTGGTTTTACCACTAAACTATACCCGCAGAATACAGa > 2:229020/1‑136 (MQ=255) gCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTGGTTTTACCACTAAACTATACCCGCAGAATACAGATATGgc > 1:249593/1‑135 (MQ=255) cTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatattccttagaaaggaggt < 2:1985967‑M2/136‑87 (MQ=255) cTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTGGTTTTACCACTAAACTATACCCGCAGAATACAGATATGgcgc > 2:1236317/1‑136 (MQ=255) 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gcTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatattccttagaaaggaggtgatccagccgcagg < 1:2136905‑M2/136‑101 (MQ=255) gcTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatattccttagaaaggaggtgatccagccgcagg < 2:730458‑M2/136‑101 (MQ=255) tctAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatattccttagaaaggaggtgatccagccgcaggt < 1:2542494‑M2/135‑102 (MQ=255) tctAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatattccttagaaaggaggtgatccagccgcaggt < 1:1700655‑M2/135‑102 (MQ=255) tctAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatattccttagaaaggaggtgatccagccgcaggt < 1:752633‑M2/135‑102 (MQ=255) tctAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAACGCttattaaattgagagttagacctctcaaaactaaacaaagtttcgaagaatgtgtaggtttccgtaatattccttagaaaggaggtgatccagccgcaggt < 1:1393247‑M2/135‑102 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ACCCTTAGCAGGGGCACCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCAAAATGGGCCTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAAACCAGCTGAGCTATAGGCCCAAAAAAAGCGGGTAACGAGAATCGGACTCGCGACAACAGCTTGGAAGGCTGTGGTTTTACCACTAAACTATACCCGCAGAATACAGATATGGCGCGGGACGGAATCGAACCGCCGACACATGGAGCTTCAATCCATTGC > TrimmedAssembly_T66_contig_7/137363‑137623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |