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ACGGTAGCGTCAAGAATCTTGTGTAAATGAAATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTT > 1:118321/1‑136 ACGGTAGCGTCAAGAATCTTGTGTAAATGAAATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTT > 1:1089622/1‑136 ACGGTAGCGTCAAGAATCTTGTGTAAATGAAATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTT > 2:1114702/1‑136 ACGGTAGCGTCAAGAATCTTGTGTAAATGAAATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTT > 1:216559/1‑136 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TAAGAGTGGAATTTTGCTACTAGTTGTGATTATCCAAGTTTTGATCGGTAATATTGCAATGTTTCTAGGAAGAATGAGTGTTAGAGGATTGTATAATGTCTCTAACCTGATGGGTGTACAGTATTACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_3/262455‑262583‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTT < TrimmedAssembly_T66_contig_36/864‑791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |