New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_24 | 1 = | 0 (0.000) | 258 (0.800) | 80/262 | 0.0 | 100% | intergenic (–/‑221) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Competence‑stimulating peptide ABC transporter ATP‑binding protein ComA |
? | TrimmedAssembly_T66_contig_34 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑119) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATTTATTTTTTTACCAGATTGTTGAAAAAATTATAAAAGTAAAAAAACGTTCTCTTAACGTCAAATACCAATGCTAGCTAGTTGATGTTTAACCGTTAAGCCTGATGAGGACATTCATCGTAAGATTATGTACGT > TrimmedAssembly_T66_contig_24/1‑136 | taattcgggtcatgaagatacctctttcttgtttgtggtgaattaagaataggtcttcatggcctttttgactagtctgaataaagaaatggtctagtagagcaggtgttgcacttcaattttaaatcgaggAatt < 2:807349‑M1/4‑1 (MQ=255) aattcgggtcatgaagatacctctttcttgtttgtggtgaattaagaataggtcttcatggcctttttgactagtctgaataaagaactggtctagtagagcaggtgttgcacttcaattttaaatcgaggAattt < 1:1989152‑M1/5‑1 (MQ=255) aattcgggtcatgaagatacctctttcttgtttgtggtgaattaagaataggtcttcatggcctttttgactagtctgaataaagaactggtctagtagagcaggtgttgcacttcaattttaaatcgaggAattt < 1:1253151‑M1/5‑1 (MQ=255) tcgggtcatgaagatacctctttcttgtttgtggtgaattaagaataggtcttcatggcctttttgactagtctgaataaagaactggtctagtagagcaggtgttgcacttcaattttaaatcgaggAatttatt < 1:287010‑M1/8‑1 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATTTATTTTTTTACCAGATTGTTGAAAAAATTATAAAAGTAAAAAAACGTTCTCTTAACGTCAAATACCAATGCTAGCTAGTTGATGTTTAACCGTTAAGCCTGATGAGGACATTCATCGTAAGATTATGTACGT > TrimmedAssembly_T66_contig_24/1‑136 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |