New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_28 | = 3183 | 0 (0.000) | 235 (0.350) +TGAGAGTTAAATCTCTCAAAACTAAACAAAGTTTCGACGCG |
58/180 | 1.7 | 100% | intergenic (‑135/–) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_LSU_rRNA/– | LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA/– |
? | TrimmedAssembly_T66_contig_32 | = 1640 | 0 (0.000) | intergenic (+24/–) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_SSU_rRNA/– | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/– |
Only 100 of 444 total aligned reads displayed.
CATTTACCTAACGGTAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_28/3048‑3183 | aTTTACCTAACGGTAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGtttc < 1:610194/136‑2 (MQ=255) tttACCTAACGGTAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGtttca < 2:1129358/136‑3 (MQ=255) tACCTAATGGTAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgag > 1:2049952‑M1/1‑132 (MQ=255) tACCTAACGGTAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgag > 1:1000212‑M1/1‑132 (MQ=255) tACCTAACGGTAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgag > 1:2235309‑M1/1‑132 (MQ=255) aCCTAACGGTAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGtttcaatg > 1:573622/1‑131 (MQ=255) ccTAATGGTAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAAAATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAATATTtgagag > 1:189094‑M1/1‑130 (MQ=255) actggtaaATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagtta < 2:1057461‑M1/133‑10 (MQ=255) ggTAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaa > 1:1615151‑M1/1‑124 (MQ=255) tAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatc > 2:2313476‑M1/1‑122 (MQ=255) tAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatc > 1:839440‑M1/1‑122 (MQ=255) tAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatc > 1:1710408‑M1/1‑122 (MQ=255) aaaTGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctc < 2:917436‑M1/136‑16 (MQ=255) gCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaa > 2:2202369‑M1/1‑117 (MQ=255) tAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGAGATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaacta > 1:1647072‑M1/1‑112 (MQ=255) aaTGAGTTTAGCGATAATTACACGTCAATCAAAAACTCAAAACACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaa < 1:864636‑M1/136‑26 (MQ=255) 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aaTGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaa > 2:1199257‑M1/1‑111 (MQ=255) aaTGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATGATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaa > 1:1098807‑M1/1‑111 (MQ=255) gattagCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaa < 1:1187421‑M1/133‑30 (MQ=255) aGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAACACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCACAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaacgttt < 2:217268‑M1/136‑35 (MQ=255) aGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagttt < 1:422511‑M1/136‑35 (MQ=255) aGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGGTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagttt < 2:683038‑M1/136‑35 (MQ=255) cGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaatcaaagtttcg > 1:1950152‑M1/1‑100 (MQ=255) gATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttcga < 2:155127‑M1/136‑38 (MQ=255) gATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttcga < 2:1583149‑M1/136‑38 (MQ=255) gATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttcga < 2:1796837‑M1/136‑38 (MQ=255) gATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttcga < 1:1463867‑M1/136‑38 (MQ=255) gATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttcga < 1:503257‑M1/136‑38 (MQ=255) gATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttcg < 1:826111‑M1/135‑37 (MQ=255) gATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttc < 2:1902670‑M1/134‑36 (MQ=255) gATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttc < 1:2497435‑M1/134‑36 (MQ=255) gATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttc < 2:781567‑M1/134‑36 (MQ=255) gATAATTAAACTACAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttc < 2:2277272‑M1/134‑36 (MQ=255) tAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTTtgagagttaaatctctcaaaactaaacaaagtttcgac > 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(MQ=255) | CATTTACCTAACGGTAAATGCGATTAATGAGTTTAGCGATAATTAAACTTCAATAAAAAACTCAAAAAACGCGGTGTTCTCGGTTTCATTATGAAAAAATATATTTGATATTATCTAGTTTTCAAAGAACAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_28/3048‑3183 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |