| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_3 | 177930 = | 269 (1.050) | 279 (1.000) | 82/262 | 0.1 | 67.5% | coding (370/633 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Aggregation promoting factor |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_39 | = 663 | 0 (0.000) | intergenic (‑2/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Aggregation promoting factor/– | |||||
Only 100 of 564 total aligned reads displayed.
TTAATTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_3/177795‑178063 | tggtacttaccgaagtattgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCg < 2:1400518‑M1/3‑1 (MQ=255) aTTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCCTTGTTGCGATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAgtcg > 2:2431532/1‑135 (MQ=18) cttaccgaagtattgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGTCTGa < 2:1523160‑M1/8‑1 (MQ=255) gATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGt > 1:1084490/1‑136 (MQ=255) gATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGt > 2:833194/1‑136 (MQ=255) attgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGTCTGAGCAGCAGGttt < 1:2467371‑M1/19‑1 (MQ=255) attgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGTCTGAGCAGCAGGtt > 2:2105608‑M1/118‑135 (MQ=255) gaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCt > 2:18991‑M1/115‑136 (MQ=255) aTTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCt > 2:496214/1‑136 (MQ=255) ccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTa > 1:2126160‑M1/113‑135 (MQ=255) 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ttGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTttgttg > 1:2259403/1‑136 (MQ=255) tagacgtttgagtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAgt > 1:1381619‑M1/16‑136 (MQ=255) tagacgtttgagtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAgt > 1:2435161‑M1/16‑136 (MQ=255) aCTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAgt < 1:324125/135‑1 (MQ=255) aCTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAgt < 1:259824/135‑1 (MQ=255) aCTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGATTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAgt < 1:17888/135‑1 (MQ=255) tAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTAGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTTACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAgtcg > 1:521099/1‑135 (MQ=255) agtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGtt < 1:2286816‑M1/131‑1 (MQ=255) tGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttg > 1:309750‑M2/1‑133 (MQ=255) gAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttga > 2:1957385‑M2/1‑132 (MQ=255) aGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaa < 1:1178385‑M2/136‑6 (MQ=255) aGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGGTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaa < 2:915860‑M2/136‑6 (MQ=255) | TTAATTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_3/177795‑178063 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |