New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_37 | 1 = | 0 (0.000) | 197 (0.840) | 57/262 | 0.3 | 100% | intergenic (–/+9) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein |
? | TrimmedAssembly_T66_contig_8 | = 137664 | 0 (0.000) | intergenic (‑2/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Histidinol‑phosphate aminotransferase (EC 2.6.1.9)/– |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGTTCAATA > TrimmedAssembly_T66_contig_37/1‑136 | tcattaagccttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaatttccccccctcgatttcagcatgtagtccaaattctgaaaacgtcggagcggacactagcacctggtcgttggtggctaa < 2:132869‑M1/1‑1 (MQ=255) tcattaagccttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaa < 2:1608809‑M1/1‑1 (MQ=255) tcattaagccttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaa < 2:2243866‑M1/1‑1 (MQ=255) tattttctgcatcattcattggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAg < 1:1512811‑M2/2‑1 (MQ=255) tattttctgcatcattcattggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAg < 1:1555207‑M2/2‑1 (MQ=255) cattaagccttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAg > 1:224903‑M1/135‑136 (MQ=255) cattaagccttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAg > 2:1170048‑M1/135‑136 (MQ=255) attttctgcatcattcattggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGa < 1:336296‑M2/3‑1 (MQ=255) attaagccttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGa < 2:1247241‑M1/3‑1 (MQ=255) taagccttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGaa < 1:80291‑M1/4‑1 (MQ=255) ttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGttt > 2:802878‑M1/126‑136 (MQ=255) atcattcattggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGttt < 2:1554759‑M2/11‑1 (MQ=255) agttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAg > 1:1174472‑M1/121‑122 (MQ=255) agttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacatggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTaaaa < 1:1008829‑M1/15‑1 (MQ=255) attggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAAtctc < 1:1335170‑M2/19‑1 (MQ=255) tggatttttaatttttacatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcgtctttaaccatttcactctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCtt < 1:607252‑M2/21‑1 (MQ=255) ggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAAt < 2:864321‑M1/31‑1 (MQ=255) caacgttggcacactgattaatggccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACt > 2:1461403‑M1/102‑135 (MQ=255) ttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTaaaaaa < 1:1122680‑M1/40‑1 (MQ=255) ttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTaaaaaa < 1:747156‑M1/40‑1 (MQ=255) ttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTaaaaaa < 2:1966216‑M1/40‑1 (MQ=255) tggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgtttgtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTaaaaaa < 1:1665919‑M1/40‑1 (MQ=255) atctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAAt < 2:1908941‑M2/48‑1 (MQ=255) ttaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGAcc < 2:2264671‑M1/52‑1 (MQ=255) taattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCa < 1:284887‑M1/53‑1 (MQ=255) ttgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCAttt > 1:1462103‑M1/81‑136 (MQ=255) aaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTg > 2:93519‑M2/80‑136 (MQ=255) aaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTg > 1:2323892‑M2/80‑136 (MQ=255) aaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccaattcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTg > 2:2469156‑M2/80‑136 (MQ=255) attctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 2:379011‑M2/59‑1 (MQ=255) agtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 1:1996924‑M2/59‑1 (MQ=255) agtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 1:2365245‑M2/59‑1 (MQ=255) agtctttgagtttattttgggttctcttactaaaatcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 1:2085568‑M2/59‑1 (MQ=255) agtctttgagtttattttgggttcacttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 1:1236257‑M2/59‑1 (MQ=255) agtctttgagattattttgggttctcttaataatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCCTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 2:1065601‑M2/59‑1 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:21843‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:983814‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:1377771‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:655570‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:1608809‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:2429003‑M1/77‑135 (MQ=255) ctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttcttttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 1:956952‑M2/59‑1 (MQ=255) cccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgacg < 2:2132797‑M1/60‑1 (MQ=255) cctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctcAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTa < 2:1081824‑M1/64‑1 (MQ=255) cctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 2:1211958‑M1/59‑1 (MQ=255) cctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCGTGAGCAGCCATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTa < 1:1925553‑M1/64‑1 (MQ=255) 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aattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 2:1438908‑M2/59‑1 (MQ=255) aattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:1438908‑M2/19‑77 (MQ=255) ggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTg > 2:730403‑M1/16‑136 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAATTGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 1:1097652‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACAtt < 1:858312‑M1/107‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 1:1251309‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 1:1088057‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 1:1689517‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 1:892319‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 1:1890217‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 2:1825570‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACGAGTGTTAAGTTGTCGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 2:1674902‑M1/124‑1 (MQ=255) ctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGa < 2:209352‑M2/126‑1 (MQ=255) ctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGa < 1:2480205‑M2/126‑1 (MQ=255) tggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGa > 1:2054578‑M1/10‑135 (MQ=255) tggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGa > 2:1890217‑M1/10‑135 (MQ=255) tggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGa > 1:815327‑M1/10‑135 (MQ=255) ttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATc > 2:266664‑M2/9‑136 (MQ=255) ggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGtt > 2:210479‑M1/6‑136 (MQ=255) ggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGtt > 2:1054147‑M1/6‑136 (MQ=255) aAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATAGTTCAAt < 2:239340‑M1/135‑1 (MQ=255) aGAACCTGTTTAAAATCTCTTGATCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGTTCaata < 1:2390739/136‑1 (MQ=255) aGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAACTGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGTTCaata < 2:2381592/136‑1 (MQ=255) aGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGTTCaata > 1:1360703/1‑136 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGTTCAATA > TrimmedAssembly_T66_contig_37/1‑136 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |