| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_34 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑119) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TACATAATCTTACGATGAATGTCCTCATCAGGCTTAACGGTTAAACATCAACTAGCTAGCATTGGTATTTGACGTTAAGAGAACGTTTTTTT‑ACTTTTATAATTTTTTCAACAATCTGGTAAAAAAATAAATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_24/133‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCATGACCCGAATTAAG > TrimmedAssembly_T66_contig_34/1‑134 TACATAATCTTACGATGAATGTCCTCATCAGGCTTAACGGTTAAACATCAACTAGCTAGCATTGGTATTTGACGTTAAGAGAACGTTTTTTT‑ACTTTTATAATTTTTTCAACAATCTGGTAAAAAAATAAATTCC > 2:1563556/1‑135 ACATAATCTTACGATGAATGTCCTCATCAGGCTTAACGGTTAAACATCAACTAGCTAGCATTGGTATTTGACGTTAAGAGAACGTTTTTTTAAATTTTATAATTTTTAAAACAATATGGTAAAAAATTAAATTCg > 2:930501/1‑134 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1:1393317/135‑1 TAAAAAAATAAATTCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCAT < 1:468581/135‑1 AATAAATTCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATACTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCATGACCCGA < 2:1333695/136‑1 AAATTCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCATGACCCGAATT < 2:2649499/136‑1 AATTCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCATGACCCGAATTA < 1:1254111/136‑1 TTCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCATGACCCGAATTAAG > 1:2549480/1‑136 TACATAATCTTACGATGAATGTCCTCATCAGGCTTAACGGTTAAACATCAACTAGCTAGCATTGGTATTTGACGTTAAGAGAACGTTTTTTT‑ACTTTTATAATTTTTTCAACAATCTGGTAAAAAAATAAATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_24/133‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCATGACCCGAATTAAG > TrimmedAssembly_T66_contig_34/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |