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CTTGTGTAAATGAAATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAG > 1:194439/1‑136 aGTGTAAATGAAATGCCTTCGTATATATAATATGT > 2:2242592/2‑35 TGTAAATGAAATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAA > 1:2376635/1‑135 GTAAATGAAATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACC < 1:596556/136‑1 AAATGAAATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAG > 1:824543/1‑136 TGAAATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAA < 1:902373/136‑1 AAATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGC > 2:1581884/1‑136 ATGCCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGA < 1:503900/136‑1 CCTTCGTATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCC > 2:2514645/1‑136 TATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCCAGTGAA > 1:1923662/1‑136 ATATATAATATGTATCTAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCCAGTGAA > 2:2738394/1‑135 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTATGATAAGAGTGGAATTTTGCTACTAGTTGTGATTATCCAAGTTTTGATCGGTAATATTGCAATGTTTCTAGGAAGAATGAGTGTTAGAGGATTGTATAATGTCTCTAACCTGATGGGTGTACAGTATTACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_3/262449‑262583‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCCAGTGAAT < TrimmedAssembly_T66_contig_36/864‑750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |