| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_17 | 1 = | 0 (0.000) | 89 (0.680) +GAGGCTGTGACATAAGTCTCTAGAAACAAAGCAGGTCTGGAAAAATCTTCGA |
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| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_9 | = 79 | 110 (0.440) | intergenic (–/+180) | –/rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | –/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCTTGATCGGCATCATTGTCGTGTACACCGAACATAATAGAAATTTCGGATGCGCCTTGATTGACCATGATTAATTTAATATTGTCGTTGGC > TrimmedAssembly_T66_contig_17/1‑133 | tcgaggataatttcgtagagtatcgggtgcgaccgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcg < 1:975416‑M1/1‑1 (MQ=255)tcgaggataatttcgtagagtatcgggtgcgaccgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcg < 2:532310‑M1/1‑1 (MQ=255)tcgaggataatttcgtagagtatcgggtgcgaccgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcg < 1:1552256‑M1/1‑1 (MQ=255) aatttcgtagagtatcgggtgcgaccgatgctctttttttattttctgttatatcataagcaggtctggaaaatttcgaagatttttccaggcctgcgttgtgtctagtgacttttgtcacagcctcGGATGGGtt < 2:2246162‑M1/9‑1 (MQ=255) 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ggtgcgaccgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTta < 2:2492295‑M1/26‑1 (MQ=255) gtgcgaccgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTta > 1:585479‑M1/110‑135 (MQ=255) gcgaccgaggctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagaattatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTtatat < 1:2494965‑M1/29‑1 (MQ=255) gaccgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTtatata > 2:1124097‑M1/106‑135 (MQ=255) gaccgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTtatata > 1:2419276‑M1/106‑135 (MQ=255) accgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATg < 1:452347‑M1/5‑1 (MQ=255) accgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAAc < 2:1547453‑M1/32‑1 (MQ=255) accgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAAc < 1:2709811‑M1/32‑1 (MQ=255) ccgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAAc < 1:2532050‑M1/32‑1 (MQ=255) ccgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAAc < 1:1213202‑M1/32‑1 (MQ=255) cgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGc < 1:614057‑M1/34‑1 (MQ=255) cgatgctctttttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGc < 1:657758‑M1/34‑1 (MQ=255) 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ttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCtt > 2:2371468‑M1/92‑136 (MQ=255) ttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCtt > 1:1101336‑M1/92‑136 (MQ=255) ttttattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgaaacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCtt < 2:1286777‑M1/45‑1 (MQ=255) tattttctattctatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagaattttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCTTGAt > 2:455577‑M1/89‑136 (MQ=255) tattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCTTGAt > 2:1552256‑M1/89‑136 (MQ=255) tattttctattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCTTGAt > 2:982502‑M1/89‑136 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tattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCTTGATCGGcatc > 1:327276‑M1/82‑136 (MQ=255) tattatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCGTGATCGGcatc > 1:989750‑M1/82‑136 (MQ=255) tatatcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCTTGATCGGCATCAtt > 1:1851390‑M1/79‑136 (MQ=255) atcaaaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCTTGATCGGCATCATTGTc > 2:751917‑M1/76‑136 (MQ=255) aaagcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttctagagacttatgtcacagcctcGTATGGGTTAATCGAAAAATTCTTTATATAACGCAATAACGGCTTGATCGGCATCATTGTCgtgt > 1:1627325‑M1/72‑136 (MQ=255) gcaggtctggaaaaattcgaagatttttccagacctgctttgtttgtagagacttatgtcacagcctcGGATGGGTTAATCGAAAAATTCTTGATATAACGCAATAACGGCTTGATCGGCATCATTGTCGTGTac < 2:629533‑M1/67‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |