| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_41 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑2) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GCCCCTCATTGACCAGTTGTGCTAGTGCGCCACGTTGAAAACGTGATAAAGTAGATGTACCCAAAGTAATCACTCCCTATAGTTGGTTGGAATTAGTTACTACCATTGTAAGTGATTGCTTTGGGCTTTTTAATTT > TrimmedAssembly_T66_contig_25/1‑136 | ccgcaattccgccttttgcgatctgcatcttgctgagctaattctggatcataaggtttaacccggtccaactcatagctaatcgtagctttggcgacgcctaaggcgtcagccattacttggtaagatttatGc < 1:1972204‑M1/2‑1 (MQ=255)ccgcaattccgccttttgcgatctgcatcttgctgagctaattctggatcataaggtttaacccggtccaactcatagctaatcgtagctttggcgacgcctaaggcgtcagccattacttggtaagatttatGc < 2:660221‑M1/2‑1 (MQ=255)ccgcaattccgccttttgcgatctgcatcttgctgagctaattctggatcataaggtttaacccggtccaactcatagctaatcgtagctttggcgacgcctaaggcgtcagccattacttggtaagatttatGc < 1:697740‑M1/2‑1 (MQ=255) gcaattccgccttttgcgatctgcatcttgctgagctaattctggatcataaggtttaacccggtccaactcatagctaatcgtagctttggcgacgcctaaggcgtcagccattacttggtaagatttatGcccc > 1:1209563‑M1/132‑136 (MQ=255) gcaattccgccttttgcgatctgcatcttgctgagctaattctggatcataaggtttaacccggtccaactcatagctaatcgtagctttggcgacgcctaaggcgtcagccattacttggtaagatttatGcccc > 2:288294‑M1/132‑136 (MQ=255) gcaattccgccttttgcgatctgcatcttgctgagctaattctggatcataaggtttaacccggtccaactcatagctaatcgtagctttggcgacgcctaaggcgtcagccattacttggtaagatttatGcccc > 1:406082‑M1/132‑136 (MQ=255) gaaattccgccttttgcgatctgcatcttgctgagctaattctggatcataaggtttaacccggtccaactcatagctaatcgtagctttggcgacgcctaaggcgtcagccattacttggtaagatttatGcccc > 1:1179074‑M1/132‑136 (MQ=255) ttccgccttttgcgatctgcatcttgctgagctaattctggatcataaggtttaacccggtccaactcatagctaatcgtagctttggcgacgcctaaggcgtcagccattacttggtaagatttatGCCCCTCAt > 2:2339657‑M1/128‑136 (MQ=255) ttccgccttttgcgatctgcatcttgctgagctaattctggatcataaggtttaacccggtccaactcatagctaatcgtagctttggcgacgcctaaggcgtcagccattacttggtaagatttatGCCCCTCAt > 2:24522‑M1/128‑136 (MQ=255) ttccgccttttgcgatctgcatcttgctgagctaattctggatcataaggtttaacccggtccaactcatagctaatcgtagctttggcgacgcctaaggcgtcagccattacttggtaagatttatGCCCCTCAt > 1:1207853‑M1/128‑136 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GCCCCTCATTGACCAGTTGTGCTAGTGCGCCACGTTGAAAACGTGATAAAGTAGATGTACCCAAAGTAATCACTCCCTATAGTTGGTTGGAATTAGTTACTACCATTGTAAGTGATTGCTTTGGGCTTTTTAATTT > TrimmedAssembly_T66_contig_25/1‑136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |