| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_19 | = 46603 | 0 (0.000) | 131 (0.640) +CGAATTAACGATTCCTTAGGTT |
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| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_4 | 245808 = | 121 (0.520) | intergenic (‑7/–) | rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE/– | tRNA‑Asn‑GTT/– | |||||
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CTAAGCCGGCATGATATAAAAATAGATGTTAACACAATTGCCAACATCTATGTCACTCCGACAGGCGGGCTCGAACCGTCGACATCTTGATTAACAGTCAAGCGCTCTACCAACTGAGCTATGTCGGAATAATCGCATGGCAACGTCCTACCCTCGCAGGGAGCGATCCCCCAACTACTCTCGGCGCCAAGAAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_4/245674‑245870 | aagtgctctacctgctgagctaaaacggcgttaattgaccctatccagtataccaaaagcatgtttaaattcaaactgtactggttgacattcaacgtaaaaaaaaggaaccgaattaacgattccttaggttGCa < 1:1755940‑M1/3‑1 (MQ=255) agtgctctacctgctgagctaaaacggcgttaattgaccctatccagtataccaaaagcatgattaaattcaaactgtactggttgacattcaacgtaaaaaaaaggaaccgaattaacgattccttaggttGCAt > 2:1753968‑M1/133‑136 (MQ=255) aaGCCGGCATGATATAAAAATAGATGTTAACACAATTGCCAACATCTATGTCACTCCGACAGGCGGGCTCGAACCGTCGACATCTTGATTAACAGTCAAGCGCTCTACCAACTGAGCTATGTCGGAATAATCGCAt > 2:1894096/1‑136 (MQ=255) actgcgctgatgagtaccgggattcctaataatccgacccgccgtttgaatttcaaaatttagtcttagttcgcccagtaggctaatttttggcaacaaaaaaaggaatcgaattaacgattccttaggttGCATg < 1:1468779‑M2/5‑1 (MQ=255) 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aatgcgctgatgagtaccgggattcctaataatccgacccgccgtttgaatttcaaaatttagtcttagttcgcccagtaggctaatttttggcaacaaaaaaaggaatcgaattaacgattccttaggttGCATg < 1:1506476‑M2/5‑1 (MQ=255) aGCCGGCATGATATAAAAATAGATGTTAACACAATTGCCAACATCTATGTCACTCCGACAGGCGGGCTCGAACCGTCGACATCTTGATTAACAGTCAAGCGCTCTACCAACTGAGCTATGTCGGAATAATCGCATg < 1:1106677/136‑1 (MQ=255) gctctacctgctgagctaaaacggcgttaattgaccctatccagtataccaaaagcatgtttaaattcaaactgtactggttgacattcaacgtaaaaaaaaggaaccgaattaacgattccttaggttGCATg > 1:668728‑M1/130‑134 (MQ=255) gctctacctgctgagctaaaacggcgttaattgaccctatccagtataccaaaagcatgtttaaattcaaactgtactggttgacattcaacgtaaaaaaaaggaaccgaattaacgattccttaggttGCATg > 1:1434573‑M1/130‑134 (MQ=255) gcgctgatgagtaccgggattcctaataatccgacccgccgtttgaatttcaaaatttagtcttagttcgcccagtaggctaatttttggcaacaaaaaaaggaatcgaattaacgattccttaggttGCATGGCa > 2:108565‑M2/129‑136 (MQ=255) cGGCATGATATAAAAATAGATGTTAACACAATTGCCAACATCTATGTCACTCCGACAGGCGGGCTCGAACCGTCGACATCTTGATTAACAGTCAAGCGCTCTACCAACTGAGCTATGTCGGAATAATCGCATGGCa > 2:1793988/1‑136 (MQ=255) 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ttcctaataatccgacccgccgtttgaatttcaaaatttagtcttagttcgcccagtaggctaatttttggcaacaaaaaaaggaatcgaattaacgattccttaggttGGAGGGCAACGTCCTACCCGCGCCggg > 1:2186093‑M2/110‑136 (MQ=255) ttcctaataatccgacccgccgtttgaatttcaaaatttagtcttagttcgcccagtaggctaatttttggcaacaaaaaaaggaatcgaattaacgattccttaggttGCATGGCAACGTCCTACCCTCGCAggg > 1:1677823‑M2/110‑136 (MQ=255) ttcctaataatccgacccgccgtttgaatttcaaaatttagtcttagttcgcccagtaggctaatttttggcaacaaaaaaaggaatcgaattaacgattccttaggttGCATGGCAACGTCCTACCCTCGCAggg > 2:2826005‑M2/110‑136 (MQ=255) tGTTAACACAATTGCCAACATCTATGTCACTCCGACAGGCGGGCTCGAACCGTCGACATCTTGATTAACAGTCAAGCGCTCTACCAACTGAGCTATGTCGGAATAATCGCATGGCAACGTCCTACCCTCGCAggg < 2:2509720/135‑1 (MQ=255) cggcgttaattgaccctatccagtataccaaaagcatgtttaaattcaaactgtactggttgacattcaacgtaaaaaaaaggaaccgaattaacgattccttaggttGCATGGCAACGTCCTACCCTCGCAGGGa < 1:528484‑M1/28‑1 (MQ=255) aataatccgacccgccgtttgaatttcaaaatttagtcttagttcgcccagtaggctaatttttggcaacaaaaaaaggaatcgaattaacgattccttaggttGCATGGCAACGTCCTACCCTCGCAGGGAGCGa > 2:158870‑M2/105‑136 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atttcgcATGGCAACGTCCTACCCTCGCAGGGAGCGATCCCCCAACTACTCTCGGCGCTAAGAAGCTTaacttctgtgttcgacatgggaacaggtgtatccttctcgccatcatcaccacactatgtgaaactaa > 1:294609‑M2/4‑68 (MQ=255) atttcgcATGGCAACGTCCTACCCTCGCAGGGAGCGATCCCCCAACTACTCTCGGCGCTAAGAAGCTTaacttctgtgttcgacatgggaacaggtgtatccttctcgccatcatcaccacactatgtgaaactaa > 2:2325896‑M2/4‑68 (MQ=255) atCGCATGGCAACGTCCTACCCTCGCAGGGAGCGATCCCCCAACTACTCTCGGCGCCAAGAAGCTTaacttctgtgttcgacatgggaacaggtgtatccttctcgccatcgtcaccacactattgagaaacttgt < 1:350871‑M2/136‑71 (MQ=255) gCATGGCAACGTCCTACCCTCGCAGGGAGCGATCCCCCAACTACTCTCGGCGCCAAGAAGCTTaacttctgtgttcgacatgggaacaggtgtatccttctcgccatcgtcaccacactattgagaaacttgtgc < 1:1382912‑M2/135‑73 (MQ=255) | CTAAGCCGGCATGATATAAAAATAGATGTTAACACAATTGCCAACATCTATGTCACTCCGACAGGCGGGCTCGAACCGTCGACATCTTGATTAACAGTCAAGCGCTCTACCAACTGAGCTATGTCGGAATAATCGCATGGCAACGTCCTACCCTCGCAGGGAGCGATCCCCCAACTACTCTCGGCGCCAAGAAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_4/245674‑245870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |