| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_1 | = 88613 | 153 (0.900) | 251 (1.180) | 77/260 | 0.0 | 76.6% | coding (224/300 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | hypothetical protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_14 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | –/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGATTTCATCTGGTTGTATCAGAATATGATTGACTAAATCTTTAATTTCAACTTCGCTTAAATTAACGGCTAATTTCTTATTAATACGTTGAAAGACCCGTGGTGTATAGCAAATATGTGTTCTAATTAACTCAA > TrimmedAssembly_T66_contig_14/1‑135 | tgtggtaagttcattcatggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctct < 1:1596280‑M2/1‑1 (MQ=255) ggtaagttcattcatggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGAt > 1:2721377‑M2/133‑136 (MQ=255) aagttcattcatggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGAttt < 1:824422‑M2/6‑1 (MQ=255) aagttcattcatggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGAttt < 2:171868‑M2/6‑1 (MQ=255) tcattcatggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataaggtaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCa > 2:584730‑M2/126‑133 (MQ=255) cattcatggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTg < 1:1967897‑M2/12‑1 (MQ=255) catggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTGGTTg < 1:2791199‑M2/16‑1 (MQ=255) catggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTGGTTg < 2:860512‑M2/16‑1 (MQ=255) catggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTGGTTg < 1:2488299‑M2/16‑1 (MQ=255) catggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTGGTTg < 1:2413443‑M2/16‑1 (MQ=255) catggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTGGTTg < 2:2843422‑M2/16‑1 (MQ=255) catggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTGGTTg < 2:1488401‑M2/16‑1 (MQ=255) catggggaatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTGGTTg < 1:2131011‑M2/16‑1 (MQ=255) aatgcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTGGTTGTATCAGa > 1:2608936‑M2/114‑136 (MQ=255) gcctcctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTGGTTGTATCAGAata < 1:2067197‑M2/26‑1 (MQ=255) cctgtgatgttttctgtggttactaaatatcataagggaaggcattccctatttctatacaattcagaaatcttttatgcatttacacaagatattttacgctctcTGATTTCATCTGGTTGTATCAGAATATGAt > 1:2680639‑M2/107‑136 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGATTTCATCTGGTTGTATCAGAATATGATTGACTAAATCTTTAATTTCAACTTCGCTTAAATTAACGGCTAATTTCTTATTAATACGTTGAAAGACCCGTGGTGTATAGCAAATATGTGTTCTAATTAACTCAA > TrimmedAssembly_T66_contig_14/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |