| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_11 | 1 = | 0 (0.000) | 1612 (1.490) +C |
130/254 | 0.0 | 100% | intergenic (–/‑74) | –/rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_SSU_rRNA | –/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_3 | 2 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+370) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Integral membrane protein LafC, accessory function in glycolipid and LTA synthesis | |||||
Only 100 of 1626 total aligned reads displayed.
ATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < Annotation_U21_Trimmed_contig_11/134‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATCGTTGTCATATCAACGTTGTTAGCGCTTTTGACAACTATTTAACTATATCATCGAGAGCAATTATTGTCAA > Annotation_U21_Trimmed_contig_3/2‑134 | TTAGGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGTGATTT < 1:1876755/135‑1 TTAGGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGTGATTT < 2:2116899/135‑1 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TAGGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTCTTTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTT < 1:2352165/135‑1 TAGGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTCTTTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTT < 1:2190662/135‑1 GGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTTAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGAATTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTA < 2:2507250/135‑1 GGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTA < 1:1454211/135‑1 GGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTCGCGATTTGTA < 1:911874/135‑1 ACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAG < 1:307/134‑1 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GCCAGCGTTCATCCTGAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTA < 1:1832358/127‑1 CCTGAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGTGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATT > 1:3759/1‑134 CCTGAGCCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATT > 2:33032/1‑134 CCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAA > 1:1912945/1‑135 CCAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAG > 2:1512341/1‑111 CAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAAT > 2:295563/1‑135 CAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAAT > 1:332056/1‑135 CAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAAT > 2:1638782/1‑135 CAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTT < 1:260182/105‑1 CAAGATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTAACTAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAAT > 2:2265373/1‑135 CAAGATCAAACACTCATATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATAAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTAAACTATTGATTGTCAAAAT > 2:536591/1‑135 ATCAAACTCTCATATTAAATGATGAGTCTTTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGTCTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTT > 1:1734129/1‑135 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ATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTAAAAATTTTTTTCAGTTTTCAAA > 2:890133/1‑135 ATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAG < 1:1635876/93‑1 ATTAAATGATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTT > 2:1829606/1‑88 GATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGTGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAC > 2:2338531/1‑135 GATGAGTC‑TTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAC > 1:1524549/1‑135 TGAGTCTTTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACT > 2:383662/1‑135 TGAGTCTTTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACT > 2:1569215/1‑135 tTTTTTCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATCGT < 2:1548305/133‑1 TCAAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAATGGTCTACTATCGTTGTCAT > 2:1098390/1‑135 AAGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATCGTTGTCATAT < 1:2448044/135‑1 AGCTCATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATCGTTGTCATATC < 2:1373244/135‑1 CATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATCGTTGTCATATCAACG > 1:719869/1‑135 CATTAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTT < 2:1992757/62‑1 TAATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATCGTTGTCATATCAACGTTG < 2:1685962/135‑1 AATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATTGTTGTCATATCAACGTTGT > 1:2032332/1‑135 AATTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATCGTTGTCATATCAACGTTGT > 2:730772/1‑135 TTGTTTGTTTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATCGTTGTCATATCAACGCTGTTA < 1:981998/135‑1 TTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATTGTTGTCATATCAACTTTGTTAGCGCTTTT > 2:2558491/1‑135 TTTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATC > 1:1000427/1‑106 TTGCGAATTGACTTCGCATAATGTTTTCTTACATAATCTTGCGATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATCGTTGTCATATCAACGTTGTTAGCGTTTTT < 1:458555/134‑1 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Annotation_U21_Trimmed_contig_11/134‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GATTTGTAAGACCCTACACTATTGATTGTCAAAATTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTACTATCGTTGTCATATCAACGTTGTTAGCGCTTTTGACAACTATTTAACTATATCATCGAGAGCAATTATTGTCAA > Annotation_U21_Trimmed_contig_3/2‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |