| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_10 | = 3297 | 0 (0.000) | 986 (0.580) +TTGAGAGTAA |
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| ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_11 | = 1711 | 0 (0.000) | intergenic (+53/–) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_SSU_rRNA/– | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/– | |||||
Only 100 of 1477 total aligned reads displayed.
GTCTAAGGTGGGACAGATGATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGAGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGAATAAACGGAAACCCACACTATGTCAAAGTTTTGTTTAGTTTTGAGAGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Annotation_U21_Trimmed_contig_11/1577‑1711 | cAGATGATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGAGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGAATAAACGGAAACCCACACTATGTCAAAGTTTTGTTTAGTTTTGAGAGGTttactctcaattt < 1:2004427‑M2/135‑14 (MQ=255) cAGATGATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGAGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGAATAAACGGAAACCCACACTATGTCAAAGTTTTGTTTAGTTTTGAGAGGTttactctcaattt < 2:1082064‑M2/135‑14 (MQ=255) cAGATGATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGAGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGAATAAACGGAAACCCACACTATGTCAAAGTTTTGTTTAGTTTTGAGAGGTctactctcagag > 1:8906‑M1/1‑122 (MQ=255) aGATGATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGAGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGAATAAACGGAAACCCACACTATGTCAAAGTTTTGTTTAGTTTTGAGAGGTttactctcaatttt < 2:2525140‑M2/135‑15 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |