| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_13 | 1 = | 0 (0.000) | 201 (0.550) | 54/256 | 2.3 | 56.8% | intergenic (–/‑4) | –/rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE | –/tRNA‑Phe‑GAA |
| ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_8 | 48167 = | 306 (0.910) | intergenic (‑22/+1) | rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE/rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE | tRNA‑Phe‑GAA/tRNA‑Asp‑GTC | |||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGCTCCATGTGTCGGCAGTTCGATTCTGTCCCGCGCCATTCACAATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTC > Annotation_U21_Trimmed_contig_13/1‑135 | ttatggtcctatggtctagctggttaggacgcctgcctgtcacgcaggagatcacgagttcgagtctcgttaggaccgtAAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGCTCCATGTGTCGGCa > 2:450452‑M1/80‑135 (MQ=255)ttatggtcctatggtctagctggttaggacgcctgcctgtcacgcaggagatcacgagttcgagtctcgttaggaccgtAAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGCTCCATGTGTCGGCa > 1:609986‑M1/80‑135 (MQ=255)ttatggtcctatggtctagctggttaggacgcctgcctgtcacgcaggagatcacgagttcgagtctcgttaggaccgtAAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGCTCCATGTGTCGGCa > 1:2562294‑M1/80‑135 (MQ=255)ttatggtcctatggtctagctggttaggacgcctgcctgtcacgcaggagatcacgagttcgagtctcgttaggaccgtAAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGCTCCATGTGTCGGCa > 2:537570‑M1/80‑135 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGCTCCATGTGTCGGCAGTTCGATTCTGTCCCGCGCCATTCACAATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTC > Annotation_U21_Trimmed_contig_13/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |