| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451_phaM1 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 CDS (conserved protein of unknown function) ← / ← PP_1244 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 1,419,548 | 1 | . | C | 97.8% | 1870.8 / 25.7 | 489 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242 CDS (conserved protein of unknown function)/PP_1244 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/11); new base C (122/356); total (122/367) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 504 total aligned reads displayed.
GCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAA > AE015451_phaM1/1419413‑1419677 | ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGTCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct > 1:8650408/1‑133 (MQ=255) ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct > 2:9287177/1‑133 (MQ=255) ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct < 2:1238306/137‑5 (MQ=255) ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct < 1:17815595/137‑5 (MQ=255) cgctGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcgt > 1:5153847/4‑136 (MQ=255) cGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcgc < 1:7276831/137‑1 (MQ=255) cGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcgc < 1:7469999/137‑1 (MQ=255) cGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcgc > 1:3662886/1‑137 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCAc < 1:1385502/137‑1 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCAc < 1:15904187/137‑1 (MQ=255) aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 2:1652552/137‑1 (MQ=255) aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 1:3202638/137‑1 (MQ=255) aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 1:10026535/137‑1 (MQ=255) aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 2:15603165/137‑1 (MQ=255) aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 1:18048355/137‑1 (MQ=255) aaCAGCGGGGGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 2:18438325/137‑1 (MQ=255) cagtgggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCAGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc > 2:12194970/5‑137 (MQ=255) cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 2:16728839/137‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 2:2022789/137‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 1:11607221/137‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 2:11742435/137‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 2:14652520/137‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 2:13460696/137‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTGCGCGGGCACGccc < 2:18707286/137‑1 (MQ=255) aGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCg > 1:8851764/1‑137 (MQ=255) gCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGc < 1:17115092/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCTACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:16930157/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGATTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:15083511/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:219409/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:16035872/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:1402036/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:4329974/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:13569259/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:6102554/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:6465378/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:550658/137‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCGTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:4843535/137‑1 (MQ=255) gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 1:9696359/1‑137 (MQ=255) gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCACTccc > 1:14730765/1‑137 (MQ=255) tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCATGTCTTTCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 2:10473448/137‑1 (MQ=255) tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGTGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 2:590636/137‑1 (MQ=255) gAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGGACGCCCGCTccccc > 1:16491917/1‑135 (MQ=255) gtgttgtgttCGCCTGGGTAGAAGTAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 2:11982561/137‑1 (MQ=39) gtgtTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCATGTCTTGCCTACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGGGTTGTCGGTGGGCATGGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGTTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 2:295161/137‑1 (MQ=38) gtgtTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 1:11401408/137‑1 (MQ=255) gtgtTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 1:1186579/137‑1 (MQ=255) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 1:10267800/137‑1 (MQ=255) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 1:9909588/137‑1 (MQ=255) cTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTg < 1:13246862/137‑1 (MQ=255) ttGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGc > 2:2340825/1‑137 (MQ=255) tGGTAGAAGCAGGTCTTGGCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGCGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCCG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg < 2:14353287/137‑1 (MQ=38) tGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCGTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg < 2:715124/137‑1 (MQ=255) tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTTTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 2:11404757/137‑1 (MQ=255) tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 2:795002/137‑1 (MQ=255) tAGAAGAAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 2:14971277/137‑1 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCTACTTTGGTGGGTTTTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAc < 2:11167936/137‑1 (MQ=38) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCCTGTGAAATGTGTGaa > 2:6207922/1‑136 (MQ=38) aaGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACgg < 2:345367/137‑1 (MQ=255) aaGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACgg < 1:10704331/137‑1 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCt < 1:2547479/137‑1 (MQ=255) cAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtg < 2:14483086/137‑1 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:12554666/137‑1 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:17527011/137‑1 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGG‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:2972173/137‑1 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGGGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:12199694/137‑1 (MQ=255) gTCTTGCCGACTGTTGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 2:4684842/137‑1 (MQ=255) gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 2:10874869/137‑1 (MQ=255) gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 2:17092089/137‑1 (MQ=255) tCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt < 2:8947408/137‑1 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGACCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAAGGATGTGGTGa > 1:8212874/1‑137 (MQ=39) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACACCCGCTCCCCCCGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGa > 2:6908947/1‑137 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGAACGCCCGACCCCAAAGGTCCCGTGTAGTGTGTGAAGGATGTGGTGa > 1:4106932/1‑137 (MQ=255) ccGATTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTTTCTGGATTTTGGGTTGCCTGGGTTG‑GCC‑TTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGTGTGACGGCTGTGGTGAccc < 2:17181549/137‑1 (MQ=37) ccGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAc < 2:13759660/137‑1 (MQ=39) ccGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAccc < 2:18010619/137‑1 (MQ=255) ccGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAccc < 2:1526468/137‑1 (MQ=255) ggtggGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAATGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAg > 2:6555780/1‑137 (MQ=255) gt‑‑tgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGGACGACCACTCCCACAAATACTGTGCCATGCCTTGCAACTGTGGTGACCCCATGGGAGCGGGGGTGcc > 1:6292103/1‑137 (MQ=255) tgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACTGTGCAGTGTGTGAAGGCTGTGGTGACCCTGTGGGGGCGGGCGTGcccc > 1:15605350/1‑136 (MQ=37) tgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCAACGGTACTGTGCAGTGCGTGAAGGCTGTGGTGCACCCGTGGGAGCAGGCATGCCcg > 1:18272925/1‑137 (MQ=37) tgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGAACGCCCACTCCCCCAAATACTGTGAAATGGGTTAAGGATGTGGGGGCCCCGTGGGGGAGGGAGTGGCcg > 1:10997526/1‑137 (MQ=255) gtgttgtCGGGGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGTTTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCAACGGGTACTGTGCAGTGTGTGACGGCTGTGGTGCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgc < 2:12720263/137‑1 (MQ=37) tCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAagag > 2:10387978/1‑137 (MQ=255) tCGGTGGGCATTGTTTTGCTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGGACGCCCGCTCCCACAGGGACTTTGTAGCGCTTGAAGGATGTGGGGGACATGTAGGGGGGGGAGGGCCCGCTAaaag > 1:15297120/1‑137 (MQ=255) ttGGGCATTGTTTTTTTTCCCTGGATCCTGAGTTTCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACTCCCGTTCCCATAGGTGCTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCTCGCGAAGAGGcc < 2:7509545/136‑1 (MQ=37) gTGGGCATTGTTTTGTTTCCTTGGATTCTGGGTTGCTTGGGTTG‑GCC‑TCTTTGTGGGCATGCCCGCTCCCAAGGGTATTGTGCAGTGTGGGATGTTTGTGGTGACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGcc < 1:12973458/137‑1 (MQ=21) gggCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGAACACCCACTCCCACAAGTGCCGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAACCTGTGGGAGCGGGTGTGCCCCCACAGAGGACTg > 1:7647291/1‑137 (MQ=255) aTTGTTTTTTTTCCTTGGATTTGGGGTTCTTGGGGCTG‑G‑CTTCTTCGTGGGCACGCCTGCTCCCACGGGTACTGTGAAGGGTGTGACGGCTGTGGTGACCTGGTGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCt < 1:15019752/137‑1 (MQ=255) aTTGTTTTGTTTCCTGGGGGTTTGGGNTGCCTGGGCGG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGTGCAGTGTGTGACGGCGGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCt < 1:18635153/137‑1 (MQ=25) ttgtttCCTGGGATTCTGGTTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGTGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAAt < 2:4231047/137‑1 (MQ=37) ttgtttCCCTGGGTTTTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGAGGGCACGCCTGCTCCCACGGGTATGGGGAAGGGCGTGATGGTTGGGGGGACCCTGTGGGAGCGGTCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAAt < 2:17512197/137‑1 (MQ=255) ttgtttCCCTGGCTTCTGGTTTGCCGGGGCTG‑TCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCAACAGGTACTGGGCAGTGTGTGACGGTTGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAAt < 1:7081356/137‑1 (MQ=25) ttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCAACAGGTACTGTGCAGTGTGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGTGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAAt < 2:8754954/137‑1 (MQ=37) ttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGGGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAAt < 2:4012877/137‑1 (MQ=255) ttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑CCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGTGTGATGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAAt < 2:8418441/137‑1 (MQ=37) cttGGGTTTTGGGTTGCTTGGGTTGTC‑C‑TTTTCGCGGGCACTCCCGCTCCCACAGGTATTGGGCGGTGTGTGACGGCTGTGGTGACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGgt < 1:9339784/135‑1 (MQ=21) ccTGGGTTCTGGGTTGCTGGGGTTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCAACGGGTATTGTGCGGTGTGTGATGGCTGTGTTGACCCTGTGGGAGTGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGgt < 1:5740715/137‑1 (MQ=25) cTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TTTTTGTGGGCACGCCCGCTCCCACGGGTACTGTGCATTGCGTGACGGCTTTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGgtg < 1:7897583/137‑1 (MQ=38) tcgggtttGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACGGGGACTGGGCAGTGCGTGGTGGCTGTGGGGACCCTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTTAGGc < 2:13910045/131‑1 (MQ=25) tCTGGGTTGCTTGGGTTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACACCCTCTCCCACGGGTATTGTGCATTGCGTGACGGTTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGc < 2:5314937/137‑1 (MQ=37) | GCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAA > AE015451_phaM1/1419413‑1419677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |