| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451_phaM1 | 4,741,228 | +C | intergenic (+465/+288) | gltA CDS (citrate synthase) → / ← yeiW CDS (putative oxidoreductase) | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 4,741,228 | 1 | . | C | 85.0% | 340.9 / 59.5 | 100 | intergenic (+465/+288) | gltA CDS (citrate synthase)/yeiW CDS (putative oxidoreductase) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (9/6); new base C (46/39); total (55/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACC‑TCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGT > AE015451_phaM1/4741092‑4741343 | tcttctTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgag < 1:14350071/137‑1 (MQ=255) ttcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagca > 2:10405460/1‑135 (MQ=255) ttcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagca > 1:12275390/1‑135 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:10090243/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:11934495/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 1:7373266/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:16739376/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 1:3073530/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:6534555/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:6346679/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:6346678/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 1:2416578/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTAAGGGTCCGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCCGCTCTGGTCACATTCGTGCTTgagcag > 2:11934450/1‑134 (MQ=255) cttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcagc > 1:6276294/1‑133 (MQ=255) gAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg > 2:9168592/1‑137 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 2:7960132/1‑137 (MQ=255) 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aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTCTGCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 1:3306998/137‑1 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACATGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 2:12568127/137‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 1:1145707/137‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 2:18878761/137‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 1:17722279/137‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGTACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 1:18961090/137‑1 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 2:14428294/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 2:5870818/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 2:5195707/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 2:6745464/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:6338841/1‑137 (MQ=255) 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1:13177999/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:11269786/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:18666551/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:7646517/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:7646467/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:1091589/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:1266666/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:5516723/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:9266605/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:14713601/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 2:1551267/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTACTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGGCCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 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cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAACAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:10015644/137‑1 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 1:4833220/1‑137 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTAACACCGCGATAGGCCtt > 2:18892969/1‑137 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGAC‑TNGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 1:18302307/1‑137 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGt > 1:12702846/1‑137 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGTGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGt > 2:16923628/1‑137 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGt > 1:15946509/1‑137 (MQ=255) | TCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACC‑TCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGT > AE015451_phaM1/4741092‑4741343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |