BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	AE015451_phaM1	4,741,263	A→C	intergenic (+500/+253)	gltA CDS (citrate synthase) → / ← yeiW CDS (putative oxidoreductase)	–/–

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	AE015451_phaM1	4,741,263	0	A	C	100.0%	405.2 / NA	100	intergenic (+500/+253)	gltA CDS (citrate synthase)/yeiW CDS (putative oxidoreductase)	–/–
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (55/45); total (55/45)

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gAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg                       <  1:1495419/137‑1 (MQ=255)

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 aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt                      >  1:18602202/1‑137 (MQ=255)

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  aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc                     <  2:5517157/137‑1 (MQ=255)

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              tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg         >  1:18666551/1‑137 (MQ=255)

              tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg         <  2:1266666/137‑1 (MQ=255)

              tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg         <  2:1091589/137‑1 (MQ=255)

              tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg         >  1:5516723/1‑137 (MQ=255)

              tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg         >  1:7646467/1‑137 (MQ=255)

              tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg         <  1:14713601/137‑1 (MQ=255)

              tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg         <  1:9266605/137‑1 (MQ=255)

              tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg         >  2:1551267/1‑137 (MQ=255)

              tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTACTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGGCCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg         <  2:15013714/137‑1 (MQ=255)

               ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg        <  1:200713/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc       <  2:9759664/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc       <  1:7931931/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc       <  1:2078294/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc       <  1:13872157/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGTGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc       >  2:8016632/1‑137 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc       <  2:4693737/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc       <  1:8363108/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAACAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc       <  2:10015644/137‑1 (MQ=255)

                   ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt    >  1:4833220/1‑137 (MQ=255)

                   ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTAACACCGCGATAGGCCtt    >  2:18892969/1‑137 (MQ=255)

                   ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGAC‑TNGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt    >  1:18302307/1‑137 (MQ=255)

                     ctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGt  >  1:12702846/1‑137 (MQ=255)

                     ctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGTGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGt  >  2:16923628/1‑137 (MQ=255)

                     ctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGt  >  1:15946509/1‑137 (MQ=255)

GAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACC‑TCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGT  >  AE015451_phaM1/4741187‑4741343

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 24 ≤` `ATCG/ATCG` `< 40 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`