| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | AE015451_phaM1 | = 5699642 | 704 (0.930) | 7697 (1.330) | 140/248 | 0.0 | 96.0% | intergenic (+388/‑3617) | PP_5002 CDS (conserved protein of unknown function)/PP_5009 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| ? | pS4413_qbsFH | 12 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑1941) | –/aadA CDS | –/– | |||||
Only 100 of 7732 total aligned reads displayed.
TCGTCTCAGGACAACGGAGCGTCGTAGATGTCTAGGGCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AE015451_phaM1/5699496‑5699642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaattaattgTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑G‑‑‑‑‑GCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCTCGGTACCAGGAG > pS4413_qbsFH/12‑117 TGTCTAGGGCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGG < 1:15932537/137‑1 GTCTAGGGCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGC > 2:9102309/1‑137 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ACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA < 1:13314248/137‑1 aaATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑G‑‑‑‑‑G > 1:2348251/3‑137 AAACGAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTCGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATCTCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTC‑‑‑‑G‑‑‑‑‑GCCGCG > 2:8040528/1‑137 AAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑G‑‑‑‑‑GCCGC‑GCCGCG > 2:10021445/1‑137 GGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTTAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑G‑‑‑‑‑GCCGC‑GCCGCGgcc < 1:5012494/137‑4 GGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑G‑‑‑‑‑GCCGC‑GCCGCGgcc < 2:16522324/137‑4 ACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑GGCCGCGCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGC > 2:2321202/1‑137 CTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑GGCCGCGCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCT > 1:11091140/1‑137 CTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑GGCCGCGCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCT > 1:5913816/1‑137 CTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑GGCCGCGCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCT > 1:12149925/1‑137 CTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑GGCCGCGCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCT > 2:11663580/1‑137 AGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑GGCCGCGCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCTCGG < 1:2660948/137‑1 CCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑GGCCGCGCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCTCGGTA > 2:11349992/1‑137 TTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTATGCCGC‑‑‑‑GCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCTCGGGACC < 1:15355541/137‑1 TCGTCTCAGGACAACGGAGCGTCGTAGATGTCTAGGGCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AE015451_phaM1/5699496‑5699642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaattaattgTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTA‑‑‑‑G‑‑‑‑‑GCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCTCGGTACCAGGAG > pS4413_qbsFH/12‑117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |