| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 5,199,655 | 0 | C | T | 28.2% | 104.7 / 22.0 | 110 | intergenic (+30/+43) | PP_4579 CDS (Transcriptional regulator_ LysR family)/PP_4580 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/44); new base T (17/14); total (52/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCA > AE015451_phaM1/5199521‑5199789 | tggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGGCCCTTctt > 2:4240523/1‑135 (MQ=255)tggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTctc > 2:14550077/1‑135 (MQ=255)tggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTctc > 2:13856963/1‑135 (MQ=255)tggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTcgc < 1:12055448/137‑1 (MQ=255)tggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTcgc < 2:10704911/137‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGGTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTcgcg < 2:11903583/137‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGGCCCTTccctggg > 1:5115444/1‑131 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTctctggg > 2:16249207/1‑131 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTCgggt > 2:8772463/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTCgggg > 1:11684452/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTgggg > 1:14990546/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCTCAGGc > 2:4814994/1‑137 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCCCgggg > 1:14990545/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTATCCGCCTGTAGCGGTCCTTTcgttggg > 1:361829/1‑132 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGTGGTATGTGGGGGGTGTGGGTGGGCAGTGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTgggtg > 2:10620754/1‑135 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTGCGGGCa > 2:12407628/1‑137 (MQ=255) aCCGGGGTGGCGTTGGTCGATGATGTGGTTGGGGTTTGCCGGTAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGTCTGTAGCGGCCCCTTCGTGGGCAt < 2:13943834/137‑1 (MQ=255) ccGGGGTGGCGTTGGTCGATGGGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTTGGACCAACA‑GTCTCCGTTTGGGGTGGCCCTTTCGTGGGCATg < 2:500192/137‑1 (MQ=255) gggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTCGGGTACGccc > 2:7847258/1‑137 (MQ=255) gggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTTTCGGGAACGccc > 2:6196906/1‑137 (MQ=255) ggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCCCTGGGACGcccc > 1:1718138/1‑136 (MQ=255) ggCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCTCCGGCACGcccccca > 1:555716/1‑133 (MQ=255) tGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCCCTGGGATGGCCATGAAAggg > 1:6481872/1‑137 (MQ=255) ggTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCTCGGGGAGGCCCCCaaaaaagg > 1:5544137/1‑133 (MQ=255) gTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTGCGGGAACGCCCCCGAAAaggac > 2:8685267/1‑135 (MQ=255) tggtGAGGTGTTTGGGTTTTGCTGACAGTTGTTGGCGTGGTGTGCGCGGGATGTGGGTGGACAGCGGATCGTGCTGGTTTGACAAACA‑TTCTCCGCTTGGGGCGGCCTTTTCGTGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCgg < 2:14551779/134‑1 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCTCGGGGACGCCCACGAAAggggcagg > 2:5738909/1‑132 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTAGGGATGCCCGCGAAAAGGGCggt > 2:15405733/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg > 1:11762412/1‑115 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg < 2:11762412/115‑1 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCTGGGACTCCCGCGAAAGGGGCggt > 2:4166825/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGAATGCCCATGGAAGGGCCagt > 2:7749493/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTTCCCGGTATGCCCCCAAAAAGGACggt > 2:2505173/1‑137 (MQ=255) tggggtggtTTGGGTTTATCGGAGGGTGTTGGAGTGGGATGCGCGGAAGGTGGGTGGGCGGTAGATCTTGCTGTTCTGA‑CAACAGGTTTCCGCCTGGGGGGGCCTTTTTGAGGGTAGGCCCGCGAAAGGGCCggtac < 2:3433860/134‑1 (MQ=255) ggAGTTGGTTGGGTTTTGCTGGCGTTTTTTGTCGTGGTGTGCGCGGGGTGTGGGTGGGCGGTGGATTGTGTTGTTTGGACAAACA‑GTCTCCGCTTGGGGTGGCCTTTTCGGGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCggtac < 2:3373331/136‑1 (MQ=255) gggtggtTGGGTTGTGCTGGCGTTTTTTGGTGTGGTGTGTGTGGGGTGTGGGGGGGCGGCGGGTTGTGTTGTTCGGACCAAAA‑GTTTCCGCTTGTGGTGGCCTTTTTGTGGGTGTGCCCGCGAAAGGGCCggtacag < 2:15415032/136‑1 (MQ=255) aGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTGCGGGCACGCCCGCGAAAAGGCCggtacca > 2:14885756/1‑135 (MQ=255) ggtggtTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTGGGGATGCCCCCGAAAGGGCCagtgcagg > 2:7168092/1‑137 (MQ=255) ggtggtTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGGATGCCCGCGAAAGGGACgggccaag > 2:7168093/1‑131 (MQ=255) ttGCCGGCAGGTGTTGGCGGGTTGGGCGTGGGGTGTGGGTGGGCGGGGGGTTGTGTTGGTCGGACAAAAG‑TTCTCCGCTTGGAGTGTCCCTTTTGTGGGCGTTCCCGAAAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACt < 2:3284268/137‑1 (MQ=255) ccGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCGCTGGAATTCCCGCAAAAGGGGCGGGACAAGTACAACAAAAcctca > 2:5475077/1‑133 (MQ=255) ggCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCTCgg > 2:8732456/1‑93 (MQ=255) ggCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg < 1:8732456/93‑1 (MQ=255) ggCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGGATGCCCGCGAAAGGGGCGGTCCAGGTCCAGCAGAACCTAgtg > 2:11741307/1‑135 (MQ=255) ggCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGGATGCCCACGGAAGGGTCGGTGCCGGTACAGAAGGAATTAacg > 2:11741308/1‑137 (MQ=255) ggCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTCCGCGGGAATGCCCACGAAAGGGGCGGTACAGGTACCGCCGAAcctcacg > 2:16438844/1‑131 (MQ=255) ggCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGACCCTTTGTGGGGATGCCCACGAAAAAGAAGGTGCAGGTACAACAAAAcccaacg > 1:16484489/1‑131 (MQ=255) ggCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGAACAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTGGGAACGACCGCGAAAGGGCCGGGAAAGGTACAGAAGAACCTcgcg > 2:16438872/1‑137 (MQ=255) gCAGGTGGTGGCGGGGTATGAGTGGGATGGGGGTGGGAAGTGGATTGGGTGGGTCGGACCAACA‑TTCTCCGCTTGGGCCGGCCCTTTCGCGGGCGTCCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAgcgc < 1:11572986/137‑1 (MQ=19) cAGGTTTTGGAGCGGTGTTCGTGGGGTGTGGGTGGACAGCGGATTGTGTTGTTTGAACCAACA‑GTCTCCGCTTGGAGCGTCTCTTTCGCGGGCATGCCCGCAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGcc < 2:7912493/137‑1 (MQ=255) ttttGGCGCGTTGTGTGCGGGGTTTGGGTGGGCGTGGGGTTGTGTTGGTCTGACCCACA‑GTCTCCCCCTTGGTCGTCCTTTTCGCGGGCGTTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGct < 2:10984495/135‑1 (MQ=255) ttttGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCGGCGGATCGTGTTGGTCGGACAAACA‑GTCTCCGCTTGTAGTGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGct < 2:11976727/135‑1 (MQ=38) tgtgGGCGGGGGGTGCGTGGGGTGTGGGTGGGAGGGGGATCGTTTTGGTCGGACCAACA‑TTCTCCGCCGGTAGCGGCTCTTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGct < 2:16676095/137‑1 (MQ=255) tgtTGGCGGGGTATGCGGGGGGTGGGGGTGGGCAGGGGGTTGTGTTGGTTGGACAAACA‑GTCTCCGCTTGTAGCGGCCCTTTCGAGGGCATGCCCGAGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGct < 2:15197277/137‑1 (MQ=255) gcgcGTTATGCGCGGGGTGTGGGTGGGCAGAGGGTTGTGTTGTTCTGACCAACG‑TTCTCTGCTTGGGGCGGCTTTTTTTGGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑Ctt < 2:5830787/137‑1 (MQ=255) gggATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCTCGGGCCTTACCGCGAAAGGGCCGGTGAAGGTCCCGCCGAACTTAGCGCCAGCTTT‑CTTTTCCCAccccggg > 2:16710996/1‑133 (MQ=255) gttgtgGTTGGGAGGCGGGTTGTGTTGTTCTAACCAACA‑TTCTCTGTTTGTGGTTTCCTTTTTTTGGGCATTCCCGCAAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGcgcc < 1:7955149/135‑1 (MQ=255) tggttgggCAGCGGATTGTGCTGTTCGGACCAACA‑TTCTCCGTTTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGccgccc < 2:385109/137‑1 (MQ=38) tgggtgggCGGGGGGTTGTGTTGGTTTGACGAACG‑GTCTCTTTTTGTAGTGTTCTTTTTGCGGGCGTCCCCGCGAAGGGTCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGccgccc < 1:16868608/137‑1 (MQ=255) tgggtgggCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTCAGGAAGGCCCGAAAAAAGGCCAGGACAAGGACAAACAAACTTCACACCAACCCT‑CCTTCACCACCCcgccccgccc > 2:7883501/1‑137 (MQ=255) tgggtgggCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTTTTGGGCATGCCCCCGGAAAGGCCGGTGAAAGTACCGAAGAACCTAGCGGCAACTCTCCTTTCCCAACCCT‑CGccaccc > 2:4998893/1‑137 (MQ=255) tgggtgggCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGACCTTTCGCGGGGATGCCCCAGAAAAGGCCAGTACAGGGACCGCAGAACCTCGCGCAAGATCT‑ATTTCCCCACCCCGCGccaccc > 2:7883502/1‑137 (MQ=255) tgggCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTGCGGGCATGCCCTCGAAAAGGGCGGTACAGGTACAAGAGAACCTAGCGCCAACTCT‑CCTTCACACCCCTCCTCCgcccaccc > 2:5712985/1‑137 (MQ=255) ggCGGATCGTGCTGGTTTGACCAACA‑GCCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTGGGCATGCCCGCAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGAt < 2:16503067/136‑1 (MQ=255) attggATTGTGTTGGTCTGCCCAACG‑GTCTCCTCTTGTGGCGTCCTTTTTTCGGCCGTTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGAt < 2:9493693/134‑1 (MQ=255) aGCGGGTCTTGCTGGTCTAACCAACA‑TTCTCCTCTTGGAGCGTCCTTTTCGCGGACGTGCCCGAAAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGAt < 2:4444796/137‑1 (MQ=255) aGCGGGTCGTGTTGTTCTGACCAACG‑TTCTCTGCTTGTGTTGGCCTTTTCGAGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGAt < 2:16103939/137‑1 (MQ=37) aGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGGCCTTTTTCGGGGATGCCCCCAAAAAGGGCGGTGCAAAGCCCACAAAACCTCGCGCCCACCCT‑CTTTCCCCCCCCCGCTCCgcccgccccagac > 2:7180878/1‑132 (MQ=255) aGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCCCGCCCTCAAAAGGGACGGTGAAAGTACAGCAAAAATTCAGGCCAGATCT‑CTTTTCCCACCCCACGCCACCCACCCAGGAt > 2:10382221/1‑137 (MQ=255) aGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGACCTTTTTCGGGGAGGTCCGCGGAAAAGGCGGTAAAGGGACGAAAGAAATCCGCACCCAAACT‑CTTTCACCACCCCCCGCCacccaccccaagg > 2:2008338/1‑132 (MQ=255) aTCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGACCCTTCGTGGGTACGCCCCCCAAAAGGACGGTGCAAATACAAAAAAAACTCGCGCCAAGGCT‑CTTTTACCCAACCGCTCCGCCCGCCCAAGATcagcc > 2:11436087/1‑137 (MQ=255) aTCGTGCGGGTCTAACAAAAG‑TTCTCCTCTTGGAGCGTCCTTTTCGTGGAAATCCCCACAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATcagcc < 2:5828591/137‑1 (MQ=255) tCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGAGACTGCCCCCGAAAGGGACGGTACAGGTACAGCAAAACTTAACGACCGATCT‑CTTTCCCCAACCCTTGCCACCCGTCCAAGATcagaca > 2:14215660/1‑137 (MQ=255) cGTGCTGGTCTACCCACCA‑TTCCCCGCTTGGAGCGGCCCTTTTTCGGGAATCCCTGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTACGCCGCCCGCCCAGGATcagccag < 2:6864629/137‑1 (MQ=255) gtgtTGTTCGGACCAACA‑TTCTCCTCTGGTGGCGGCCTTTTTGTGGACATCCCCACGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATcagccagc < 1:15862532/137‑1 (MQ=255) ttGGTCTGACCAATA‑GTCTCCTCCTGTGGCGGCCCTTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCaa < 2:12944637/136‑1 (MQ=255) gttCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTTTAGCGTCCTTTTCGTGGACAGGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATc < 2:8677682/135‑1 (MQ=255) tGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCCTGGGAATGCCCCCAAAAAAGACAGTACAAGCCCAAAAAAACCTCACGCCAACCCT‑CTTTCCCCCCCCCCCGCCCCCCACCCCAAATCCGCCCACCAACCCCCa > 2:10938038/1‑137 (MQ=255) accaccA‑TTCTCCTCCTGTATCGTCCCTTCCGCGGGCATGCCCGAGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGc < 2:15712209/137‑1 (MQ=255) acaaaCA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCGGGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGc < 2:7191508/134‑1 (MQ=255) ccAACA‑GCCCCCGCTTGTAGTGGCCCTTTCTCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCa < 2:5536728/137‑1 (MQ=39) aaCA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGTCCTTTCTCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAAc > 2:1565810/1‑137 (MQ=255) ttctcTGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATTCCTGAAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGc < 1:14176109/136‑1 (MQ=255) tctcCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGAATGGCCACGAAAGGGACGGTACAGGGACAACAAAACCTAACAACAAAACT‑CTTTCCCCACCCCGTGCCTCCCAACCAGAATCCACCAGACAATCCCCAGCAAAAgggt > 2:2331798/1‑135 (MQ=255) tctgcttgtgGCGTCCTTTTCGTGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 1:14827809/131‑1 (MQ=255) tcCGCCTGTAACGGCCCTTTCTCGGGCATACCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:10661479/137‑1 (MQ=255) ccctcttGTAGCGCCCCTTTCGTGGGCGTACCCAAGAAAGGTCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 1:14827767/131‑1 (MQ=255) cccGCCTGTAGCGTCCCTTTCGTGTGCATACCCTCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:5291987/136‑1 (MQ=255) gCCTGTAGCAGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAAGCTTTCGa > 1:9064953/1‑137 (MQ=255) ttgtgGCGTCCTTTTCGCGGAAATACCCAGAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:926285/136‑1 (MQ=255) ttggggcgcCCTTTTCTCGGTCATTCCCGCAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:16702391/132‑1 (MQ=255) ttggggCGGCTTTTTCGGGGGCGTCCCCGAGAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:14076673/132‑1 (MQ=255) ttggaGCGCCCCTTTCGCGGGCACACCCGAAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:16772544/133‑1 (MQ=255) ctttAGCGGCCCTTTTGCGGTCATGCCCGCGAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:4073313/134‑1 (MQ=255) cTGTAGTGTCCCTTTCTCGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:16702427/137‑1 (MQ=255) ttgtctcTTTCGTGGGCGTGCCAGGGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAACCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 2:389323/131‑1 (MQ=255) gcgcCCCTTTCGCGGGAATGCCCGAAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑NTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 1:14545870/137‑1 (MQ=255) ccgccccTTCCGTGGCCATCCCCCCAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGNAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 1:13626046/133‑1 (MQ=255) ttttCGCGGACACCCCCAAAAAAGGCCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAg < 1:10760862/136‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGca < 2:12765106/137‑1 (MQ=255) | TGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCA > AE015451_phaM1/5199521‑5199789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |