| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 5,199,656 | 0 | G | T | 26.7% | 90.9 / 27.8 | 110 | intergenic (+31/+42) | PP_4579 CDS (Transcriptional regulator_ LysR family)/PP_4580 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/50); new base T (20/8); total (52/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCA > AE015451_phaM1/5199521‑5199789 | tggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTcgc < 2:10704911/137‑1 (MQ=255)tggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTcgc < 1:12055448/137‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGGGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTcgcg < 2:15025811/137‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTCgggt > 2:8772463/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTCgggg > 1:11684452/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTgggg > 1:14990546/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCTCAGGc > 2:4814994/1‑137 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCCCgggg > 1:14990545/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTATCCGCCTGTAGCGGTCCTTTcgttggg > 1:361829/1‑132 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGTGGTATGTGGGGGGTGTGGGTGGGCAGTGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTgggtg > 2:10620754/1‑135 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTGCGGGCa > 2:12407628/1‑137 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCTAGGGCa > 2:294367/1‑137 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGACCTTTTGCggggg > 1:7393052/1‑135 (MQ=255) aCCGGGGTGGCGTTGGTCGATGATGTGGTTGGGGTTTGCCGGTAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGTCTGTAGCGGCCCCTTCGTGGGCAt < 2:13943834/137‑1 (MQ=255) ccGGGGTGGCGTTGGTCGATGGGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTTGGACCAACAGTCTCCGTTTGGGGTGGCCCTTTCGTGGGCATg < 2:500192/137‑1 (MQ=255) gggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTCGGGTACGccc > 2:7847258/1‑137 (MQ=255) gggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTTTCGGGAACGccc > 2:6196906/1‑137 (MQ=255) ggCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCTCCGGCACGcccccca > 1:555716/1‑133 (MQ=255) gCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCTTGGGGACGCCCCCGaa > 2:67163/1‑137 (MQ=255) tGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCCCTGGGATGGCCATGAAAggg > 1:6481872/1‑137 (MQ=255) ggTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCTCGGGGAGGCCCCCaaaaaagg > 1:5544137/1‑133 (MQ=255) gTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTGCGGGAACGCCCCCGAAAaggac > 2:8685267/1‑135 (MQ=255) tggtGAGGTGTTTGGGTTTTGCTGACAGTTGTTGGCGTGGTGTGCGCGGGATGTGGGTGGACAGCGGATCGTGCTGGTTTGACAAACATTCTCCGCTTGGGGCGGCCTTTTCGTGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCgg < 2:14551779/134‑1 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGGCCTTTTTTGGGGATGCCCTCAAAAaggaaagg > 1:3085059/1‑132 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTTGGGTACGCCCCCGAAAaggacagt > 2:4057591/1‑132 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCTCGGGGACGCCCACGAAAggggcagg > 2:5738909/1‑132 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTAGGGATGCCCGCGAAAAGGGCggt > 2:15405733/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg > 1:11762412/1‑115 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg < 2:11762412/115‑1 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCTGGGACTCCCGCGAAAGGGGCggt > 2:4166825/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGAATGCCCATGGAAGGGCCagt > 2:7749493/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTTCCCGGTATGCCCCCAAAAAGGACggt > 2:2505173/1‑137 (MQ=255) ggAGTTGGTTGGGTTTTGCTGGCGTTTTTTGTCGTGGTGTGCGCGGGGTGTGGGTGGGCGGTGGATTGTGTTGTTTGGACAAACAGTCTCCGCTTGGGGTGGCCTTTTCGGGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCggtac < 2:3373331/136‑1 (MQ=255) gggtggtTGGGTTGTGCTGGCGTTTTTTGGTGTGGTGTGTGTGGGGTGTGGGGGGGCGGCGGGTTGTGTTGTTCGGACCAAAAGTTTCCGCTTGTGGTGGCCTTTTTGTGGGTGTGCCCGCGAAAGGGCCggtacag < 2:15415032/136‑1 (MQ=255) 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ttctcTGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATTCCTGAAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGc < 1:14176109/136‑1 (MQ=255) tctcCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGAATGGCCACGAAAGGGACGGTACAGGGACAACAAAACCTAACAACAAAACT‑CTTTCCCCACCCCGTGCCTCCCAACCAGAATCCACCAGACAATCCCCAGCAAAAgggt > 2:2331798/1‑135 (MQ=255) tctgcttgtgGCGTCCTTTTCGTGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 1:14827809/131‑1 (MQ=255) tcctcttGTAGCTTCCCTTTTGCGGGCGTACCCGAGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 1:14827808/131‑1 (MQ=255) tcCGCTTGTAGCGGCCTTTTCGTGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:8223959/137‑1 (MQ=255) tcCGCCTGTAACGGCCCTTTCTCGGGCATACCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:10661479/137‑1 (MQ=255) ccctcttGTAGCGCCCCTTTCGTGGGCGTACCCAAGAAAGGTCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 1:14827767/131‑1 (MQ=255) cccGCCTGTAGCGTCCCTTTCGTGTGCATACCCTCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:5291987/136‑1 (MQ=255) gCCTGTAGCAGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAAGCTTTCGa > 1:9064953/1‑137 (MQ=255) ttgtgGCGTCCTTTTCGCGGAAATACCCAGAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:926285/136‑1 (MQ=255) ttggggcgcCCTTTTCTCGGTCATTCCCGCAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:16702391/132‑1 (MQ=255) ttggaGCGCCCCTTTCGCGGGCACACCCGAAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:16772544/133‑1 (MQ=255) ctttAGCGGCCCTTTTGCGGTCATGCCCGCGAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:4073313/134‑1 (MQ=255) cTGTAGTGTCCCTTTCTCGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:16702427/137‑1 (MQ=255) cTGTAGCGTCCCTTTCGCGGGCATGCCCACGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:7721818/137‑1 (MQ=255) cTGTAGCGTCCCTTTCGCGGGCATCCCCTCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:12454185/137‑1 (MQ=255) ttgtctcTTTCGTGGGCGTGCCAGGGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAACCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 2:389323/131‑1 (MQ=255) ttgtcccTTTCGCGGGCATCCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 1:16613841/133‑1 (MQ=255) gcgcCCCTTTCGCGGGAATGCCCGAAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑NTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 1:14545870/137‑1 (MQ=255) gCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 2:16631525/137‑1 (MQ=255) ccgccccTTCCGTGGCCATCCCCCCAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGNAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 1:13626046/133‑1 (MQ=255) ttttCGCGGACACCCCCAAAAAAGGCCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAg < 1:10760862/136‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGca < 2:12765106/137‑1 (MQ=255) ttCGCGGCCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGca < 2:13889347/137‑1 (MQ=255) | TGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCA > AE015451_phaM1/5199521‑5199789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |