| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451_phaM1 | 4,741,228 | +C | intergenic (+465/+288) | gltA CDS (citrate synthase) → / ← yeiW CDS (putative oxidoreductase) | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 4,741,228 | 1 | . | C | 79.0% | 315.1 / 88.5 | 100 | intergenic (+465/+288) | gltA CDS (citrate synthase)/yeiW CDS (putative oxidoreductase) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/16); new base C (39/40); total (44/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTG‑AA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTG > AE015451_phaM1/4741092‑4741348 | tcttctTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgag > 1:3428813/1‑137 (MQ=255) ttcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagca > 2:828733/1‑135 (MQ=255) ttcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagca > 2:16547910/1‑135 (MQ=255) ttcttTCAGGTTACGGGTCAGACTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagca > 1:9108038/1‑135 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:5296224/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:10948480/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:2991133/1‑134 (MQ=255) tcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:8213357/1‑134 (MQ=255) cttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcagc > 2:10624903/1‑133 (MQ=255) tttCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcagct < 2:11753871/137‑6 (MQ=255) tttCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcagct < 1:5675793/137‑6 (MQ=255) gAACTGGGTATGGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg < 2:136841/137‑1 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGTTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 2:15170876/1‑137 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 1:13310331/1‑137 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 2:16485449/1‑137 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 2:5726856/1‑137 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCNAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 1:15227914/1‑137 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCNAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 1:15227940/1‑137 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 1:8793622/137‑1 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 1:1058823/137‑1 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 1:13396632/137‑1 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 1:11018770/137‑1 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 2:7173404/137‑1 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGC‑ATTAGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 1:17398009/137‑1 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCGGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 1:5675786/137‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 1:11982778/137‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 1:6273011/137‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 2:2785417/137‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 1:2640308/137‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 1:2640345/137‑1 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:3521431/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:15409502/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:4865805/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:3297780/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:2536653/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:16521623/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCAAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:497433/1‑137 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCAGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:3521390/1‑137 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACAcc > 1:1907092/1‑137 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACAcc > 1:17582978/1‑137 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACAcc > 1:17582977/1‑137 (MQ=255) atatGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 2:8557803/137‑1 (MQ=255) atatGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 2:10182919/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:4926879/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 2:12554018/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:1277957/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 1:13216576/1‑137 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:14004005/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:15140631/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:1277061/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 2:6085827/1‑137 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:9496774/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:1277016/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:1254349/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:10389731/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 1:16646391/1‑137 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:17267148/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:17338009/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 1:2062304/1‑137 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 2:13021101/1‑137 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:9410308/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 2:4855950/1‑137 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:5786440/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 2:1348179/137‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 2:13673886/137‑1 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa > 2:2619032/1‑137 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa > 2:2619000/1‑137 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa > 2:12960066/1‑137 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa > 1:1567692/1‑137 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa < 2:10734611/137‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGAt > 1:10706579/1‑137 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGAt > 1:10706543/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTTTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGATT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCGCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:11199081/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 2:6601709/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:7127556/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:7127581/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 2:722881/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:9401738/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:8406361/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:9401772/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:9401773/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:1221154/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCGGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 2:6601682/1‑137 (MQ=255) ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTA‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCTGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg < 2:13801092/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:16592723/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:14772622/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:7257344/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 1:768637/1‑137 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 2:10883323/1‑137 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:408455/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:16592692/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:11951888/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 2:14204316/1‑137 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TTCGACTTGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:8588039/137‑1 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 2:8476884/1‑137 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 2:3515582/1‑137 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 2:16968617/1‑137 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGAAT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 2:3932332/1‑137 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGCAT‑CCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 2:10328900/1‑137 (MQ=255) cACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCAGTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACATGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATTACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 1:6035917/137‑1 (MQ=255) | TCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTG‑AA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTG > AE015451_phaM1/4741092‑4741348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |