| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | AE015451_phaM1 | = 5699642 | 678 (0.860) | 9721 (1.310) | 144/248 | 0.0 | 96.9% | intergenic (+388/‑3617) | PP_5002 CDS (conserved protein of unknown function)/PP_5009 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| ? | pS4413_qbsFH | 12 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑1941) | –/aadA CDS | –/– | |||||
Only 100 of 9760 total aligned reads displayed.
CGTCTCAGGACAACGGAGCGTCGTAGATGTCTAGGGCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AE015451_phaM1/5699497‑5699642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaattaattgTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTAG‑‑‑‑‑GCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCTCGGTACCAGGAGGA > pS4413_qbsFH/12‑119 ttTCTAGGGCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAGCAACGGATAAAATGAAACGCCCATTCTGTCGGCTGAGCCTTTCGGTTTATTTGGTGCCTTTAATTAATTGTCGACAAGTAAGCATCGG < 2:5284924/135‑1 TGTCTAGGGCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGG < 1:12697554/137‑1 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GCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTAG‑‑‑‑‑GCCGC‑GCCGCGgccg > 1:10303161/1‑133 CCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTAG‑‑‑‑‑GCCGC‑GCCGCGgccgc > 2:14339356/1‑132 CCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTAG‑‑‑‑‑GCCGC‑GCCGCGgccgc > 1:4541309/1‑132 CCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCATAG‑‑‑‑‑GCCGC‑GCCGCGgccgc > 2:9013261/1‑132 CCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACACCTAG‑‑‑‑‑GCCGC‑GCCGCGgccgc > 1:12982040/1‑132 ACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTAGGCCGCGCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGC > 1:14424955/1‑137 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CCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTAGGCCGCGCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCTCGGTA > 2:12157106/1‑137 CCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTAGGCCGCGCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCTCGGTA > 1:9232255/1‑137 CGTCTCAGGACAACGGAGCGTCGTAGATGTCTAGGGCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTTAATTAATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AE015451_phaM1/5699497‑5699642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaattaattgTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCCTAG‑‑‑‑‑GCCGCGGCCGCGCGAATTCGAGCTCGGTACCAGGAGGA > pS4413_qbsFH/12‑119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |