| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 1,327,121 | 0 | C | T | 51.0% | 740.3 / inf | 1530 | intergenic (+97/‑196) | PP_16SE rRNA (16S ribosomal RNA)/PP_23SE rRNA (23S ribosomal RNA) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (395/355); new base T (380/400); total (775/755) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1534 total aligned reads displayed.
AGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGAT > AE015451_phaM1/1326985‑1327216 | cGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAAt > 2:6229542/1‑137 (MQ=33) gTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATg > 1:890486/1‑137 (MQ=33) tAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGt > 1:5430157/1‑137 (MQ=33) tAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGt > 1:7031547/1‑137 (MQ=33) gggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGa > 2:2933280/1‑137 (MQ=33) ggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGAt < 2:8959375/137‑1 (MQ=33) aaCCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGGCGTTCTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGAttt > 2:4553695/1‑137 (MQ=18) ccTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAACCTACTGATAAGCTCCCACACGAATTGCTTGATCCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCt < 2:10972996/137‑1 (MQ=11) tGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTgg < 2:8190478/137‑1 (MQ=18) tGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTgg > 2:16202099/1‑137 (MQ=18) tGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTgg > 1:258012/1‑137 (MQ=33) gCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGc > 1:13257834/1‑137 (MQ=18) gCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCttt > 2:10279448/1‑137 (MQ=18) tGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTg > 2:14875940/1‑137 (MQ=18) tGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTg > 2:12267382/1‑137 (MQ=33) tGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTg > 1:9140145/1‑137 (MQ=33) ggATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGt > 1:4372735/1‑137 (MQ=33) cACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGa > 1:3391555/1‑137 (MQ=18) cACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGa > 1:8755034/1‑137 (MQ=18) cACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGa > 2:16431894/1‑137 (MQ=18) ctTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTc > 2:11941124/1‑137 (MQ=18) aTCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTa > 1:10317193/1‑137 (MQ=18) aTCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTa > 1:13948140/1‑137 (MQ=18) aTCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTa < 1:17630598/137‑1 (MQ=33) aTCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTa > 1:7256350/1‑137 (MQ=33) gacgacATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTaaaa < 1:15279009/137‑1 (MQ=33) gctcATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAAt > 1:8391184/4‑137 (MQ=18) gacATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAAtt < 1:5634250/137‑1 (MQ=18) gacATCAGCCTGCTGATGAGCGCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAAtt < 1:5195455/137‑1 (MQ=16) cATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCg < 2:10505425/137‑1 (MQ=18) cATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCg < 2:16733128/137‑1 (MQ=18) cATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTGGTCAGATCGTTCTTTAAAAAGTCg < 1:16694004/137‑1 (MQ=12) cATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCg < 1:9652756/137‑1 (MQ=33) cATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCg > 1:16164787/1‑137 (MQ=33) cATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCg < 2:13174193/137‑1 (MQ=33) aTCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCgg > 2:11437646/1‑137 (MQ=18) aTCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCgg > 2:15239718/1‑137 (MQ=18) aTCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCgg < 1:9430297/137‑1 (MQ=33) tCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGa < 2:14695707/137‑1 (MQ=18) tCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGa < 2:4270861/137‑1 (MQ=17) tCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGa < 1:6433710/137‑1 (MQ=33) tCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGa < 1:17273060/137‑1 (MQ=32) tCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGa < 2:7312345/137‑1 (MQ=33) tCAGCCTGCTGATGAGCTCCCAAACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGa < 1:16416997/137‑1 (MQ=16) ccTGCTGATGATCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 2:5258383/137‑1 (MQ=16) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTTGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 2:14128017/137‑1 (MQ=18) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 2:2703959/137‑1 (MQ=18) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 2:6496852/137‑1 (MQ=18) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 1:2121841/137‑1 (MQ=18) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 1:6825935/137‑1 (MQ=18) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 2:13462215/137‑1 (MQ=18) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 1:14414016/137‑1 (MQ=18) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 2:3513578/137‑1 (MQ=33) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 1:12930304/137‑1 (MQ=32) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 2:15635919/137‑1 (MQ=33) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 1:4681669/137‑1 (MQ=33) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtg < 1:3649874/137‑1 (MQ=33) ccTGCTGATGAGCTCCCACACGAATCGCTTGATTCATTGTCGAATACTTTTCTCCTAGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAAGTAGGACAtg < 2:1734733/137‑1 (MQ=11) tgctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtgtg > 2:3183795/1‑137 (MQ=33) tgctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtgtg > 1:11535769/1‑137 (MQ=32) atgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGACATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTgataga > 1:1068977/1‑137 (MQ=12) atgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTgataga > 2:198664/1‑137 (MQ=18) atgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTgatgga > 2:3663401/1‑137 (MQ=17) atgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTgataga > 2:9782026/1‑137 (MQ=33) atgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTgataga > 2:5593985/1‑137 (MQ=33) atgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTgataga > 2:3955642/1‑137 (MQ=33) tgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGGTCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTgatagat > 2:11720293/1‑137 (MQ=16) aGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGatat > 2:6839049/1‑137 (MQ=18) aGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGatat > 1:2951043/1‑137 (MQ=18) tCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGa > 2:599445/1‑137 (MQ=18) cccACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGAATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGAc > 2:2321444/1‑137 (MQ=18) ccACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACt > 1:2351349/1‑137 (MQ=33) acacGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGa > 2:13790922/1‑137 (MQ=18) cacGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGaa > 1:15830762/1‑137 (MQ=18) cGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGANATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAaca > 1:14850241/1‑137 (MQ=18) cGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAaca > 1:13673656/1‑137 (MQ=33) tGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGt > 1:8129071/1‑137 (MQ=18) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAGATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGtt < 1:16999584/137‑1 (MQ=16) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGtt > 1:10012983/1‑137 (MQ=18) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGtt < 1:11159099/137‑1 (MQ=33) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGtt < 1:3941654/137‑1 (MQ=33) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGtt > 1:1262548/1‑137 (MQ=33) ttGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTc > 2:4972810/1‑137 (MQ=18) aTTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCAct > 1:10936908/1‑137 (MQ=18) ttCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActg < 2:12472463/137‑1 (MQ=18) ttCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActg < 1:5964681/137‑1 (MQ=18) tCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgc < 1:15544820/137‑1 (MQ=17) ttGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgc < 1:11958644/137‑1 (MQ=11) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 2:9428068/137‑1 (MQ=17) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 1:11297506/137‑1 (MQ=18) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 2:1588443/137‑1 (MQ=18) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 2:12827626/137‑1 (MQ=33) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 1:7654148/137‑1 (MQ=33) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 2:7756634/137‑1 (MQ=33) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 2:8604623/137‑1 (MQ=33) cGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 1:9977051/1‑137 (MQ=14) cGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 1:8509306/1‑137 (MQ=14) cGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 1:12377767/1‑137 (MQ=14) cGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 1:13427187/1‑137 (MQ=31) cGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 2:17144054/1‑137 (MQ=31) | AGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATT‑‑‑CGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGAT > AE015451_phaM1/1326985‑1327216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |