| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 5,344,454 | 0 | T | G | 27.4% | 420.8 / 35.3 | 244 | intergenic (+29/‑149) | pgi‑II CDS (glucose‑6‑phosphate isomerase)/acsA‑II CDS (acetyl‑CoA synthetase) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/116); new base G (11/53); total (65/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAG > AE015451_phaM1/5344318‑5344586 | ggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑aaa < 2:8728772/137‑1 (MQ=255) ggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑aaa < 2:15438718/137‑1 (MQ=255) ggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑aaa < 2:251566/137‑1 (MQ=255) ggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑aaa < 2:5564507/137‑1 (MQ=255) ggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑aaa < 2:834132/137‑1 (MQ=255) ggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGT‑aaa < 2:14562811/137‑1 (MQ=255) gcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAAc > 2:16080351/1‑137 (MQ=255) caaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑gaaaa > 1:4111713/1‑135 (MQ=255) aaggttgTTGACCAGCGCTTGGTCGGTAGCTTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGCTCAACCACTTCCGCGGCCTTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAAccc < 2:13618514/131‑1 (MQ=25) aaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑aaa < 2:8065601/134‑1 (MQ=255) aaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑aaa > 1:8065601/1‑134 (MQ=255) ggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGcc < 1:17567579/137‑1 (MQ=255) ggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGcc < 2:12702520/137‑1 (MQ=255) ggCGTTTACCAGCGCTTGGTAGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCTACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGcc < 2:4152040/137‑1 (MQ=255) cGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAAaccagccc > 2:17573355/1‑132 (MQ=255) cGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTa > 2:13659328/1‑137 (MQ=255) cGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCACCtc > 2:11432827/1‑136 (MQ=255) tttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCGACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGG‑AAACCCGCCTAcc < 1:14344413/137‑1 (MQ=255) tttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCgaccccc > 2:10380370/1‑131 (MQ=255) ttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCa < 1:9402621/137‑1 (MQ=255) ttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCa < 2:14514899/137‑1 (MQ=255) ttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCa < 2:12107723/137‑1 (MQ=255) ttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCa < 1:5514763/137‑1 (MQ=255) tACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAg < 1:16761986/137‑1 (MQ=255) tACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAg < 1:13945067/137‑1 (MQ=255) aCCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAATACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGTGGGG‑AAAACCGTCTACCAgg > 2:5970307/1‑137 (MQ=25) aCCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAgg < 1:2585545/137‑1 (MQ=255) aCCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACACCCccaccaaa > 1:15353450/1‑135 (MQ=255) aCCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTACTCGCAGGT‑AAAACcacccacccaa > 1:11462596/1‑134 (MQ=21) aCCAGCACTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAgg < 2:16646609/137‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGc < 1:17302692/137‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcg < 1:6033099/137‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcg < 1:3420068/137‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcg < 1:3589856/137‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcg < 2:14401087/137‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcg < 2:14411735/137‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcg < 1:15945851/137‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcg < 1:13691936/137‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcg < 1:7326524/137‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcg < 1:1051785/137‑1 (MQ=255) cTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑GAACACGACTCCCAAGAAAcacg > 1:12049411/1‑137 (MQ=25) cTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcgcg < 2:2558292/137‑1 (MQ=255) cTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcgcg < 2:11773972/137‑1 (MQ=255) cTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcgcg < 1:17459935/137‑1 (MQ=255) cTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAAcgcg < 2:6058107/137‑1 (MQ=255) ttGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGt < 2:6185477/137‑1 (MQ=255) ttGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGt < 2:15806665/137‑1 (MQ=255) ttGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCCCCGATTGT‑AACCCCACATACCAGACAAAGCGt > 2:6675825/1‑137 (MQ=21) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 1:12588772/137‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 1:7614966/137‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 1:14919987/137‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 2:8416868/137‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 2:11287424/137‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 1:4591232/137‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 2:12281519/137‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 2:10888129/137‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 1:4835138/137‑1 (MQ=255) gCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAg < 1:2795633/137‑1 (MQ=255) 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(MQ=25) cAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑CAACCCGCCTCCCAAGCAACGCGTTAACCCGTAGGAGAGGGTTT‑ACCCACGAAGAGGCCAGACCAGGTTTAACACCg > 2:16494942/1‑137 (MQ=255) aaCTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTTTCGGGTGAAACCCCCCCCCCA‑GCAACAAGTTGCCTCATCGGGGAGGGGTT‑TCCCCCTAAAAGGACAGCCCAAGTTTAacaaccc > 2:39388/1‑133 (MQ=255) aaCTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAAACCGCCTCCCCAGCAAAGCGTTCCCTCGTCGGAGGGGGTTT‑CCCCGCGAAGAGGCCCGCCCCAGTTTCACAccac > 2:3286250/1‑135 (MQ=25) aaCTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAAACCCCCTCCCCAGAAACATGGTACACCATAAGAGCAGGGTT‑CCCCCCAAAAAGGCCGGCCCCAGTTGCACAccac > 2:10335233/1‑135 (MQ=255) aaCTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCCCGGGT‑AAACCCCCCCCCCCAGCCACGCGTTCCCCCTTAAGAGCGGGGTT‑CCCCCCAAAAAGGGCGGGCCCAGTTTAAAAccac > 2:11806980/1‑135 (MQ=255) ctactTCCGCGGCCGTCACCGCGTTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGC‑AACCCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTCT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTc < 2:17171174/137‑1 (MQ=255) tactTCCGCGGCCGCCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAGGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTcc < 1:8505286/137‑1 (MQ=255) cactTCTGTGGCTTTCACCGCGGTGGATCCGGGTTTGTGCTGGCTTTTTTGTGGGG‑AAACCCGCTGACAGGGCAATGCTTTACCTCGGAGGAGTGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTcc < 1:16221016/136‑1 (MQ=16) ctTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGAGGGT‑AAACCAACCTCCCCGGCAACGCGTTACCCCGCAGGAACGGGTTT‑ACCCGCAAAAAGGCCAGCCCCAGTTGGACACCGCTCCCa > 2:2750727/1‑137 (MQ=255) ccGCGTCCGTCACCGCGGTGGATCTGAGCTTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGA‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGTTTTACCTCGTAGGAGCGGTTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCt < 2:7164581/137‑1 (MQ=38) ccGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTTTTCGAGGGG‑AAACCCGCTCACCAGGCAACGCGTTACCTTGGGGGAGTGGGTTT‑ACCCGCGAGGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCt < 2:6394471/137‑1 (MQ=255) ccGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCTCGGGT‑GAAACCCCCCCCCAAACCACACATTCCCCCCTCGGAGCGGGTTT‑TCCCACAAAAAAGCCAGCCCAAATTTAACACCACTccccacc > 2:7773501/1‑133 (MQ=255) gcgGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCTCGGGT‑GAACCCGCCTACCCGGCAACGCGGTACCTCGTCGGAACGGGTTT‑ACCCACAAAGAGGACGGACCAAGGTGAACACAACTCCCaaatac > 2:16487208/1‑132 (MQ=255) cgGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCCTCGAGGGG‑GAACCCGACCACCAAGAAAAAAGTTACCCCGGAGGAGAGGGGTT‑CACCGAGAAAAGGACAGACCAGGTTGGACACCAATCCCCGATaca > 2:9768946/1‑137 (MQ=255) gtgggtCCGGGTTTGTGCCGTCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGACAACGCGTTACCTCTTAGGAGCGGGTTT‑ACCTGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAAt < 2:2959556/132‑1 (MQ=38) gtggATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTCCCTCGTGGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAAt < 2:13098359/134‑1 (MQ=255) ggggcctgcctCTTTGAGGGA‑AAACCCACCTACCAGACAAAGAGTGACTTAGGAGGAGTGGGTTC‑ACCCGAGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTc < 1:7750891/134‑1 (MQ=255) tgCCGGCCTCTTCGCTGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCa < 2:6492450/137‑1 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGTGGGT‑AAACCCGCCTACCGGACAACGCGCTACCTTGTAGGAACGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATc < 2:9024702/137‑1 (MQ=38) tgtccTTTTCGCGGGG‑AACCCCCCCTACCAGACAACGCGTTACTTCGGAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCg < 2:16319777/134‑1 (MQ=38) cgtcccctTCGCGGGA‑AAACCCGCCTACCAGGAAACGTGTTCCCTCGTAGGAGTGGGTTT‑ACCCGCGAGGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCg < 2:207276/131‑1 (MQ=255) ttttCGGGGGG‑AAACCAGCCGACAGGAAAAAGCGTTACTTTGGGGGAGGGGGTTG‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCt < 2:4490258/135‑1 (MQ=255) tctTCGTGGGG‑AAACCTGCCGACAAGGCAATTTGTTACTTGGGGGGGGGGGGTTC‑ACCCGAGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCt < 1:13396553/137‑1 (MQ=255) tctTCGGGGGG‑AAACCTGCCGACCGGGCGCAGCGTTACCTTTGAGGGGTGGGTTT‑ACCTGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTATCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCt < 2:6010876/137‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGG‑AAACCCTCCTACCAGGCAACGCGTCACCTCTGAGGAGCGGGTTC‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCt < 2:761161/137‑1 (MQ=38) cctTCGCGGGT‑AAACCCGCCCACCATGCAACGCGTCACCTCGTAGGAGCGGTTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGTTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCt < 2:7931012/136‑1 (MQ=38) tttggcgGGG‑AAACCTGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGGGGGTTT‑ACCCGAGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCtt < 2:5438708/133‑1 (MQ=255) tCGCGGGC‑AACCCCGCTTACTAGTCACTGCG‑TCCCTTGGTGGGGTGGGTTTCACCCATGAGGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTAc < 1:6763142/137‑1 (MQ=255) cgcgGGG‑AAACCCACCTACAAGAAAACGCGTGACCTCGGAGGAGCGGGTTC‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACa < 2:3131965/137‑1 (MQ=38) gagggg‑AAACCCGCCTACCAGGCAATGCGTTACCTCGCAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCCCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGCCCATCGCCCCCTACaa < 2:12028758/135‑1 (MQ=38) | CTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGT‑AAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAG > AE015451_phaM1/5344318‑5344586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |