| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451_phaM1 | 542,514 | C→G | L252V (CTG→GTG) | rpoC CDS (DNA‑directed RNA polymerase subunit beta') → | |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 542,514 | 0 | C | G | 99.8% | 1843.2 / NA | 461 | L252V (CTG→GTG) | rpoC CDS (DNA‑directed RNA polymerase subunit beta') | |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (281/179); minor base A (1/0); total (282/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 463 total aligned reads displayed.
ACCAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAA > AE015451_phaM1/542382‑542646 | aCCAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCggtggt > 2:4877289/1‑137 (MQ=255)aCCAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCggtggt > 1:8412129/1‑137 (MQ=255) cAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTc > 1:11143750/1‑137 (MQ=255) cAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTc < 2:12149679/137‑1 (MQ=255) aaCTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTcc < 2:9388700/137‑1 (MQ=255) ggAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTgg > 2:15691683/1‑137 (MQ=255) tCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTg < 1:13946298/125‑1 (MQ=255) aagaagCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGttt < 1:5903797/137‑1 (MQ=255) aagaagCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGttt < 2:7223233/137‑1 (MQ=255) aagaagCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGttt < 2:5941981/137‑1 (MQ=255) gCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGa < 1:6786195/137‑1 (MQ=255) gCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGa < 2:6661558/137‑1 (MQ=255) tCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTc < 1:5421710/137‑1 (MQ=255) cAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCg > 2:16468183/1‑137 (MQ=255) cAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCg > 1:14941280/1‑137 (MQ=255) aaGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGa > 2:6820996/1‑137 (MQ=255) 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tGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAAc < 1:16542898/137‑1 (MQ=255) tGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGACGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGACGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAAc > 2:10228259/1‑137 (MQ=255) gAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACg > 1:2655573/1‑137 (MQ=255) aaGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGa < 1:1889006/137‑1 (MQ=255) aaGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGa < 1:13191790/137‑1 (MQ=255) aaGCTGATGGAAACTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGa < 1:17310392/137‑1 (MQ=255) aGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGaa > 2:1149675/1‑136 (MQ=255) aGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGAc > 1:10723310/1‑137 (MQ=255) aGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGAc > 2:12483992/1‑137 (MQ=255) aGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGCTTCGCGACTTCCGACCTGAACGAc > 2:7317493/1‑137 (MQ=255) aGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCGGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCt < 2:14547817/130‑1 (MQ=255) tGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGATTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTAt < 2:12364110/137‑1 (MQ=255) 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ttCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGt < 1:5189188/137‑1 (MQ=255) ccAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGa < 1:15395241/137‑1 (MQ=255) ccAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGa < 1:12422168/137‑1 (MQ=255) aGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATc < 1:2416278/137‑1 (MQ=255) tCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCg < 1:2924513/137‑1 (MQ=255) gggCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTa > 1:9825092/1‑137 (MQ=255) 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gCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGgcgc > 2:17209292/1‑137 (MQ=255) gCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGgcgc > 1:3134216/1‑137 (MQ=255) gCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGgcgc > 2:1410190/1‑137 (MQ=255) gCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGgcgc > 2:16123243/1‑137 (MQ=255) gCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGgcgc > 2:15535936/1‑137 (MQ=255) gTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGa > 2:15252630/1‑137 (MQ=255) tgcCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGAcatc > 1:9649385/1‑137 (MQ=255) tgcCGCCGGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGAcatc > 1:8164250/1‑137 (MQ=255) ccgccgGACCTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGAcatcat > 1:10426692/1‑137 (MQ=255) cTGCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCaa < 2:2615981/137‑1 (MQ=255) gCGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGCAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACg > 2:8677888/1‑137 (MQ=255) cGTCCGGTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGa < 1:6520112/137‑1 (MQ=255) | ACCAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAA > AE015451_phaM1/542382‑542646 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |