Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA AE015451_phaM1 4,741,240 2 bp→CT intergenic (+477/+275) gltA CDS (citrate synthase) → / ← yeiW CDS (putative oxidoreductase) –/–

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*AE015451_phaM14,741,2400AC86.9% 336.3 / 21.2 100intergenic (+477/+276)gltA CDS (citrate synthase)/yeiW CDS (putative oxidoreductase)–/–
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
*AE015451_phaM14,741,2410CT88.0% 293.1 / 23.1 100intergenic (+478/+275)gltA CDS (citrate synthase)/yeiW CDS (putative oxidoreductase)–/–
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (2/10);  new base T (42/46);  total (44/56)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTG‑AA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTG  >  AE015451_phaM1/4741185‑4741348
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  gAACTGGGTATGGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg                            <  2:136841/137‑1 (MQ=255)
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    aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc                          <  2:7173404/137‑1 (MQ=255)
    aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGC‑ATTAGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc                          <  1:17398009/137‑1 (MQ=255)
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     cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca                         <  1:2640308/137‑1 (MQ=255)
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     cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca                         <  1:6273011/137‑1 (MQ=255)
     cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca                         <  1:11982778/137‑1 (MQ=255)
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        ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac                      >  1:16521623/1‑137 (MQ=255)
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           ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc                   <  1:17338009/137‑1 (MQ=255)
           ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc                   <  1:15140631/137‑1 (MQ=255)
           ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc                   <  1:1277890/137‑1 (MQ=255)
           ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc                   >  1:2062304/1‑137 (MQ=255)
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           ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc                   >  2:10056306/1‑137 (MQ=255)
           ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc                   >  2:13021101/1‑137 (MQ=255)
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           ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc                   <  1:5786440/137‑1 (MQ=255)
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             aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa                 >  2:2619032/1‑137 (MQ=255)
             aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa                 >  2:2619000/1‑137 (MQ=255)
             aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa                 >  2:12960066/1‑137 (MQ=255)
             aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa                 >  1:1567692/1‑137 (MQ=255)
             aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa                 <  2:10734611/137‑1 (MQ=255)
              ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGAt                >  1:10706543/1‑137 (MQ=255)
              ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGAt                >  1:10706579/1‑137 (MQ=255)
                tCCAGCTTTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGATT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCGCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              <  2:11199081/137‑1 (MQ=255)
                tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              <  2:1221154/137‑1 (MQ=255)
                tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              >  2:6601709/1‑137 (MQ=255)
                tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              <  2:7127556/137‑1 (MQ=255)
                tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              >  1:8406361/1‑137 (MQ=255)
                tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              <  2:7127581/137‑1 (MQ=255)
                tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              <  1:9401772/137‑1 (MQ=255)
                tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              >  2:722881/1‑137 (MQ=255)
                tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              <  1:9401773/137‑1 (MQ=255)
                tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              <  1:9401738/137‑1 (MQ=255)
                tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCGGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg              >  2:6601682/1‑137 (MQ=255)
                 ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg             <  2:3269969/137‑1 (MQ=255)
                 ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTA‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCTGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg             <  2:13801092/137‑1 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            >  1:768637/1‑137 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            <  1:7417060/137‑1 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            <  2:16592723/137‑1 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            <  1:7257344/137‑1 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            <  2:408455/137‑1 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            <  1:17598101/137‑1 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            >  2:10883323/1‑137 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            <  1:14772622/137‑1 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            <  2:16592692/137‑1 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            <  1:11951888/137‑1 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            >  2:14204316/1‑137 (MQ=255)
                  cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TTCGACTTGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc            <  2:8588039/137‑1 (MQ=255)
                     ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt         >  2:8476884/1‑137 (MQ=255)
                     ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCATTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt         >  1:4653269/1‑137 (MQ=255)
                     ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt         >  2:3515582/1‑137 (MQ=255)
                     ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt         >  2:16968617/1‑137 (MQ=255)
                     ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGAAT‑TGC‑ATTCGTG‑AATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt         >  2:3932332/1‑137 (MQ=255)
                     ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGCAT‑CCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt         >  2:10328900/1‑137 (MQ=255)
                            cACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCAGTCGTG‑AA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACATGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATTACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg  <  1:6035917/137‑1 (MQ=255)
                                                          ||                                                                                                               
TTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTG‑AA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTG  >  AE015451_phaM1/4741185‑4741348

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑