| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451_phaM1 | 1,884,295 | (A)8→7 | intergenic (‑628/‑323) | PP_1691 CDS (conserved protein of unknown function) ← / → PP_1692 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 1,884,288 | 0 | A | . | 99.7% | 4681.2 / 4.3 | 890 | intergenic (‑621/‑330) | PP_1691 CDS (conserved protein of unknown function)/PP_1692 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base . (339/547); total (341/549) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 959 total aligned reads displayed.
CGTCCGATGTGCCCTTTTCGTGCACCCAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATGAAAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATCGTCAGTTTGACCAAAGCCCCCATTTCACGGGGGTTTGAGGGGTATGAGAGGGGGTTGTCCACCGAGTTATCCACAGGAACTGTGGATTGTCCCGAGCGC > AE015451_phaM1/1884152‑1884420 | cGATGTGCCCTTTTCGTGCACCCAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTNGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATGaaaaa < 1:17986121/137‑1 (MQ=255) cGATGTGCCCTTTTCGTGCACCCAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATGaaaaa > 2:9037622/1‑137 (MQ=255) cGATGTGCCCTTTTCGTGCACCCAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATGaaaaa > 2:16059649/1‑137 (MQ=255) gATGTGCCCTTTTCGTGCACCCAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATGaaaaaa < 2:2751288/137‑1 (MQ=255) ttCGTGCACCCAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTAttttt < 1:16559964/137‑1 (MQ=255) tCGTGCACCCAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTa < 1:3884880/137‑1 (MQ=255) cGTGCACCCAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGAGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAg > 2:12043306/1‑137 (MQ=255) ccAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGa > 1:11171070/1‑137 (MQ=255) ccAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGa > 2:3991003/1‑137 (MQ=255) aaaTGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGaaa > 1:10927446/1‑137 (MQ=255) aTGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGaaaaa < 2:15734090/137‑1 (MQ=255) tGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGaaaaaa < 1:6272336/137‑1 (MQ=255) tGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAAGGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGaaaaaa < 1:12552024/137‑1 (MQ=255) gAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATc < 2:18343389/137‑1 (MQ=255) tATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATCGTCAGt > 2:9556924/1‑137 (MQ=255) tATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATCGTCAGt > 1:14354796/1‑137 (MQ=255) 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cTGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATCGTCAGTTTGACCAAAGCCCCCATTTCACGGGGGTTTGAGGGGTATGAGAGGGGGTTGTCCACCGAGTTATCCACAGGAACTGTgg > 1:15590405/1‑137 (MQ=255) tGCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATCGTCAGTTTGACCAAAGCCCCCATTTCACGGGGGTTTGAGGGGTATGAGAGGGGGTTGTCCACCGAGTTATCCACAGGAACTGTGGa > 1:2644147/1‑137 (MQ=255) gCGTGGTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATCGTCAGTTTGACCAAAGCCCCCATTTCACGGGGGTTTGAGGGGTATGAGAGGGGGTTGTCCACCGAGTTATCCACAGGAACTGTGGAt > 2:10254977/1‑137 (MQ=255) ggTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATCGTCAGTTTGACCCAAGACCCCATTTCAAGGGGGTTTGAGGGGTATGAGAGGGGGTTGTCCACCGAGTTATTCACAGGAACTGTGGATTGTc > 2:3201846/1‑137 (MQ=255) ggTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATCGTCAGTTTGACCAAAGCCCCCATTTCCAGGGGGTTTGAGGGGTATGAGAGGGGGTTGTCCACCGAGTTATCCACAGGAACTGTGGATTGTc > 2:4345860/1‑137 (MQ=255) ggTTAAGTCAATG‑AAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATCGTCAGTTTGACCAAAGCCCCCATTTCACGGGGGTTTGAGGGGTATGAGAGGGGGTTGTCCACCGAGTTATCCACAGGAACTGTGGATTGTc > 1:6431113/1‑137 (MQ=255) 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| CGTCCGATGTGCCCTTTTCGTGCACCCAAATGGAGGTTTATGGTGCACTTGTTCACATTCGGGGCAGCGCTTGTAACGGCTTGGCAACACCACCCAGCAGCCTCGCCAATGCCTTGACTGCGTGGTTAAGTCAATGAAAAAAAACACTATTTTTAGCTGGTGAAAAAATCGTCAGTTTGACCAAAGCCCCCATTTCACGGGGGTTTGAGGGGTATGAGAGGGGGTTGTCCACCGAGTTATCCACAGGAACTGTGGATTGTCCCGAGCGC > AE015451_phaM1/1884152‑1884420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |