| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451_phaM1 | 4,741,230 | A→G | intergenic (+467/+286) | gltA CDS (citrate synthase) → / ← yeiW CDS (putative oxidoreductase) | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 4,741,230 | 0 | A | G | 87.2% | 310.8 / 27.8 | 102 | intergenic (+467/+286) | gltA CDS (citrate synthase)/yeiW CDS (putative oxidoreductase) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/6); new base G (44/45); total (51/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTT > AE015451_phaM1/4741151‑4741341 | caCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGAAACGtcctcctgca > 2:4007960/1‑133 (MQ=255) gTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTTGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGAACACGCCCCCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGAt > 1:1427321/1‑137 (MQ=255) gAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg > 1:2509618/1‑137 (MQ=255) gAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg > 1:2509661/1‑137 (MQ=255) 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1:5914352/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:16189507/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:8197464/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:14880049/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:13682895/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:12092844/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTCGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 2:1348248/1‑137 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑AGTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:3646079/137‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:14943491/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:16142502/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:7620615/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:12833406/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:18217778/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:10647380/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:3064975/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:6230617/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:3744746/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:2441432/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:13984361/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:16779243/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTGGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCATGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCTACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:16779244/137‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTCGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGAC‑TTGCAGTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACATCCTCCTACAGCGCCTCGACCTTTGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:13984410/137‑1 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 2:9016670/1‑137 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGAGGTAGGCCtt > 2:13127613/1‑137 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAAGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCCGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACTGCGATAGGTCtt > 2:11831596/1‑137 (MQ=255) | CACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTT > AE015451_phaM1/4741151‑4741341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |