| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AE015451_phaM1 | 541,353 | A→G | Y1244C (TAC→TGC) | rpoB CDS (DNA‑directed RNA polymerase subunit beta) → | |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 541,353 | 0 | A | G | 99.6% | 2709.9 / ‑2.7 | 674 | Y1244C (TAC→TGC) | rpoB CDS (DNA‑directed RNA polymerase subunit beta) | |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (328/343); minor base T (0/3); total (328/346) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 810 total aligned reads displayed.
CCGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATG > AE015451_phaM1/541220‑541486 | ccGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcat < 1:9060046/137‑1 (MQ=255)ccGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcat < 1:14398343/137‑1 (MQ=255)ccGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcat < 2:17489208/137‑1 (MQ=255) cGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatg > 2:15551402/1‑137 (MQ=255) cGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatg > 2:5780609/1‑137 (MQ=255) ggTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgt > 1:12659508/1‑137 (MQ=255) ggTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgt > 1:9904681/1‑137 (MQ=255) ggTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgt > 1:14779316/1‑137 (MQ=255) ggTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgt > 1:6794567/1‑137 (MQ=255) ttCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgtacat > 2:7597495/1‑137 (MQ=255) ttCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgtacat < 2:2416347/137‑1 (MQ=255) ttCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgtacat > 1:16204855/1‑137 (MQ=255) tCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgtacatg > 1:12426348/1‑137 (MQ=255) tCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgtacatg > 2:11456543/1‑137 (MQ=255) tCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgtacatg > 1:9757049/1‑137 (MQ=255) tCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTtgcatgtacatg > 1:17540783/1‑137 (MQ=255) 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cAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGgacg < 2:6252624/137‑1 (MQ=255) ccATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAg < 2:7387651/137‑1 (MQ=255) tGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCAc < 2:17216196/137‑1 (MQ=255) tGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCAc > 1:1147384/1‑137 (MQ=255) tGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGAACGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCaa > 2:11646938/1‑136 (MQ=255) gAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCAcg > 2:702282/1‑137 (MQ=255) 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cGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAgg > 1:13945540/1‑137 (MQ=255) ggCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGgc < 1:3336797/137‑1 (MQ=255) aacaaGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCa < 1:8712643/137‑1 (MQ=255) ttCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCgg > 1:18116444/1‑137 (MQ=255) gAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCggtgg < 2:8865510/137‑1 (MQ=255) aGCGTCCTGTGACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCggtggt < 1:11193930/137‑1 (MQ=255) tgtgACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGtt > 2:14798188/1‑137 (MQ=255) gtgACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTNGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGttt < 1:15706918/137‑1 (MQ=255) gtgACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGttt < 2:4969830/137‑1 (MQ=255) gtgACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGttt < 2:4458439/137‑1 (MQ=255) gtgACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGttt < 1:1846892/137‑1 (MQ=255) tgACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTc < 1:1969169/137‑1 (MQ=255) tgACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTc > 1:15928882/1‑137 (MQ=255) gACCTTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCg < 2:13975907/137‑1 (MQ=255) gACCGTTGTTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGTTCAGCGTTTCg < 2:13245194/137‑1 (MQ=255) gACCGTTGGTTGCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCg < 1:12051709/137‑1 (MQ=255) gttggttgCATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGga > 1:13758530/1‑137 (MQ=255) gTTGCATGTACATACTCAATCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATg > 2:1615552/1‑137 (MQ=255) | CCGGTCTTCGATGGTGCCAAGGAGCGCGAGATCAAGGCCATGCTGAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATG > AE015451_phaM1/541220‑541486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |