BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	AE015451_phaM1	4,741,298	C→T	intergenic (+535/+218)	gltA CDS (citrate synthase) → / ← yeiW CDS (putative oxidoreductase)	–/–

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	AE015451_phaM1	4,741,298	0	C	T	100.0%	440.9 / NA	122	intergenic (+535/+218)	gltA CDS (citrate synthase)/yeiW CDS (putative oxidoreductase)	–/–
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (49/73); total (49/73)

Only 100 of 122 total aligned reads displayed.

GAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACT  >  AE015451_phaM1/4741187‑4741346

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                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  1:5110919/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  1:9361081/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  2:3284484/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          >  1:951455/1‑137 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  2:2648906/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  2:13351585/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  1:11545637/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  2:9130168/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          >  2:13149904/1‑137 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  1:5849832/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  1:3319158/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGATCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  2:18394297/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  2:17497824/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  2:14354569/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          <  1:16288272/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATATGc          <  2:14354568/137‑1 (MQ=255)

                cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc          >  2:3385679/1‑137 (MQ=255)

                 aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc         >  1:14235919/1‑137 (MQ=255)

                 aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc         >  1:14235918/1‑137 (MQ=255)

                   ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt       >  1:14658310/1‑137 (MQ=255)

                   ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt       >  2:15677166/1‑137 (MQ=255)

                   ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCAGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAACTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt       >  2:13166502/1‑137 (MQ=255)

                   ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCT‑GCGACT‑TGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAACTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCAtt       >  2:19347983/1‑137 (MQ=255)

                   ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt       >  2:4313681/1‑137 (MQ=255)

                   ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGAC‑TNGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt       >  1:18825931/1‑137 (MQ=255)

                        gTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGAC‑TTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGAGAGGCCTTGTACt  <  2:16093480/137‑1 (MQ=255)

GAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑TGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACT  >  AE015451_phaM1/4741187‑4741346

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 24 ≤` `ATCG/ATCG` `< 40 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`