| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,126,645 | 1 | . | C | 81.0% | 58.4 / 9.8 | 21 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/4); new base C (8/9); total (8/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
GCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCAGGGGGTATACCGCCTGCTCGCGGC > AE015451/1126444‑1126834 | gcAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAgg < 1:220849/237‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTaca < 1:118231/211‑1 (MQ=255) 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2:216512/1‑68 (MQ=255) tCGCATTCGCGGGTAAGC‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGcac < 1:274943/107‑1 (MQ=255) cGCATTCGCGGGTAAGC‑CCGCTCCTACACAGCGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTg < 2:220061/115‑1 (MQ=255) | GCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCAGGGGGTATACCGCCTGCTCGCGGC > AE015451/1126444‑1126834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |