| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | conserved protein of unknown function/conserved protein of unknown function |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,419,548 | 1 | . | C | 87.5% | 44.8 / 1.1 | 16 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | conserved protein of unknown function/conserved protein of unknown function |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (4/10); total (5/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCGTCCATCAGGCCGGTGATGATCAGGTCGCGCACGTAACCCATCAGTTCGGAAGCCTGTTCGCGGGCGTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCC > AE015451/1419329‑1419722 | gCCGTCCATCAGGCCGGTGATGATCAGGTCGCGCACGTAACCCATCAGTTCGGAAGCCTGTTCGCGGGCGTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 1:197187/237‑1 (MQ=255) ccATCAGGCCGGTGATGATCAGGTCGCGGACGTAACCCATCAGTTCGGAAGCCTGTTCGCGGGCGTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggct‑gg < 1:318580/215‑1 (MQ=255) ggTCGCGCACGTAACCCATCAGTTCGGAAGCCTGTTCGCGGGCGTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGTAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGGGGTGAGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 2:333770/211‑1 (MQ=255) cgcgCACGTAACCCATCAGTTCGGAAGCCTGTTCGCGGGCGTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTg < 1:278024/237‑1 (MQ=255) gcgcACGTAACCCATCAGTTCGGAAGCCTGTTCGCGGGCGTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGGTTCTGGGTGGCCTGggct‑gg‑cctattc > 2:213971/1‑191 (MQ=255) cAGTTCGGAAGCCTGTTCGCGGGCGTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCAGTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:205639/199‑1 (MQ=255) ttttCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTc < 1:251479/125‑1 (MQ=255) ttttCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTc > 2:251477/1‑125 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 2:377292/118‑1 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg > 1:377294/1‑118 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 2:358854/132‑1 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt > 1:358856/1‑132 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 2:272305/129‑1 (MQ=255) tggGTGCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTTTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 1:139835/138‑1 (MQ=39) tgtgttctCGGTGGGCATCGTTTTGTTTCACTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGACACGccag > 2:300062/1‑73 (MQ=25) tCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GG‑CTTCTTCGCGGGCACGTCCGCTTCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCt > 2:427297/1‑141 (MQ=255) gTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGcccc < 1:155333/220‑1 (MQ=255) gCCTGGGCTGGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCACGCTCCCCCAGGTACGGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAAt < 1:133327/115‑1 (MQ=37) | GCCGTCCATCAGGCCGGTGATGATCAGGTCGCGCACGTAACCCATCAGTTCGGAAGCCTGTTCGCGGGCGTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑GG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCC > AE015451/1419329‑1419722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |