Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 4,974,439 | 0 | G | . | 51.8% | 41.4 / 65.6 | 27 | coding (1165/2043 nt) | flgK | Flagellar hook‑associated protein FlgK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/6); new base . (6/8); total (13/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CCAGCGTAGGTTGGGTGATGGTGCCGGTACCGCTGTTGCCACTGCCTGCCGCAGCACTGATCGGCCCGGCGAAGGCCAGTTTGTTGGCATCGGTCAGGGTGGTGGTGATGCTGCCGGCTGCCGCACGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCGGAGCCTGCACTGTTGTTCGACGAGGCCAGGCTGCGCTGGGCAATGGCGGTGGCGCTGTTGATGCTGGAGAACAGCGAGCTGCCGAACTGGCCGT > AE015451/4974217‑4974660 | ccAGCGTAGGTTGGGTGATGGTGCCGGTACCGCTGTTGCCACTGCCTGCCGCAGCACTGATCGGCCCGGCGAAGGCCAGTTTGTTGGCATCGGTCAGGGTGGTGGTGATGCTGCCGGCTGCCGCACGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTACCGGGTCGGCATTCAg > 1:304350/1‑223 (MQ=255) cTGATCGGCCCGGCGAAGGCCAGTTTGTTGGCATCGGTCAGGGTGGTGGTGATGCTGCCGGCTGCCGCACGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCAcc < 1:362118/237‑1 (MQ=255) ggCCCGGCGAAGGCCAGTTTGTTGGCATCGGTCAGGGTGGTGGTGATGCTGCCGGCTGCCGCACGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCCCACTGTACTGGCTTGCGCTGGTGAAc > 2:400849/1‑225 (MQ=255) ttgGCATCGGTCAGGGTGGTGGTGATGCTGCCGGCTGCCGCACGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAgcggc < 1:112123/175‑1 (MQ=255) tgctgcCGGCTGCCGCACGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGAtt < 1:404348/236‑1 (MQ=255) ctgccggctgccgCACGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCtcgtagtcg > 1:422607/1‑190 (MQ=255) ctgccggctgccgCACGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCtcgtagtcg < 2:422605/190‑1 (MQ=255) gccggctgccgCACGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCgg > 1:277377/1‑237 (MQ=255) gaaCGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGACTGAAGCCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGgcgc < 1:294981/134‑1 (MQ=255) gggATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCGGAGCCTGCACTgttgtt > 1:254808/1‑236 (MQ=255) ttGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGCCGGCATTC‑‑GCCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGGgcggcggtc > 2:48446/1‑117 (MQ=255) tagAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCtcgtagtcgtag > 2:59983/3‑165 (MQ=255) tGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGGCGGAgggggt > 2:110901/1‑169 (MQ=255) tGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAg > 1:50390/1‑200 (MQ=255) gAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGAtt > 1:377811/1‑204 (MQ=255) 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1:77962/199‑1 (MQ=255) cGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCGGAGCCt < 1:357709/204‑1 (MQ=255) cTAGCACCGGTGCCGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCGGAGCCTGCACTGTTGTTCGACGAGGcc < 2:50390/180‑1 (MQ=255) aTCACCGGTGCCGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCGGAGCCTGCACTGTTGTTCGACGAGGCCAGGCTGCGCTGGGCAATGGCGGTGGCGCTGTTGCTGCTGGAGAACAGCGAGCTGcc > 2:214784/1‑236 (MQ=255) ccGGTGCCGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCtcgtagtcg < 2:362343/99‑1 (MQ=255) ccGGTGCCGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCtcgtagtcg > 1:362345/1‑99 (MQ=255) ccGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCCGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCGGAg > 2:69758/1‑146 (MQ=255) ccGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCGGAGCCTGCACTGTTGTTCGACGAGGCCAGGCTGCGCTGGGCAATGGCGGTGGCGCTGTTGATGCTGGAGAACAGCGAGCTGCCGAACTGGCCGt < 1:426798/237‑1 (MQ=255) ccGGGTCGGCATTC‑‑GTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCGGAGCCTGCACTGTTGTTCGACGAGGCCAGGCTGCGCTGGGCAATGGCGGTGGCGCTGt > 1:85772/1‑199 (MQ=255) gTCNGCANTCANGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCGGAGCCTGCACTGTTGTTCGACGAGGCCAGGCTGCGCTGGGCAATGGCgg < 1:7409/188‑1 (MQ=255) | CCAGCGTAGGTTGGGTGATGGTGCCGGTACCGCTGTTGCCACTGCCTGCCGCAGCACTGATCGGCCCGGCGAAGGCCAGTTTGTTGGCATCGGTCAGGGTGGTGGTGATGCTGCCGGCTGCCGCACGGGTAGGGATCACCTTGAAGCTGTCGCCGGCCGCCAGGCCGCCGCCTTTCAACGCCAGGCTGAAACCGTCTATCACCGGTGCCGGGTCGGCATTCAGGTCGAAGCTGCCCATGTCGGTGCCGTCTGAGCGGCGCACACTGTACTGGCTGGCGCTGGTGAACTTCACCTCGTAGTCGTAGGTGGTCAGCGCACCGCTGTTGGCGATGGTGACATCCAGATTGCCGGAGCCTGCACTGTTGTTCGACGAGGCCAGGCTGCGCTGGGCAATGGCGGTGGCGCTGTTGATGCTGGAGAACAGCGAGCTGCCGAACTGGCCGT > AE015451/4974217‑4974660 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |