| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,843,901 | 0 | C | T | 36.0% | 20.8 / 23.2 | 25 | R298H (CGC→CAC) | gacS | Sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/10); new base T (3/6); total (9/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCA > AE015451/1843669‑1844087 | ggcCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGAt > 1:264288/1‑237 (MQ=255) tCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATg < 2:268881/237‑1 (MQ=255) tCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATg < 1:352585/237‑1 (MQ=255) cccGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGc < 2:193251/237‑1 (MQ=255) cccGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGc > 1:329797/1‑237 (MQ=255) ccGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGTGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCg > 1:354276/1‑237 (MQ=255) tGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCtt < 1:245050/237‑1 (MQ=255) ccAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTgg < 2:227377/186‑1 (MQ=255) gATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGTGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCATCTTTGCGCGCCATGTccctg > 1:143064/1‑226 (MQ=255) cTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGTGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCtt < 2:143063/209‑1 (MQ=255) gAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGc > 2:153043/1‑146 (MQ=255) gTCAGCAGACGTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTGTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGTGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCtt < 2:72861/167‑1 (MQ=255) tctcGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGTGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGgcgc > 1:35824/1‑212 (MQ=255) gAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTc < 2:160213/102‑1 (MQ=255) gAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTc > 1:160214/1‑102 (MQ=255) gAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGc > 1:246247/1‑237 (MQ=255) ggagcgGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGTGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATg < 2:422765/206‑1 (MQ=255) gcgcGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGTGGATTTCTTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCg < 1:223334/205‑1 (MQ=255) aTCTCGCTTTGTTGCAGCAGGGGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGTGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTc < 1:219511/225‑1 (MQ=255) tcGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCa > 1:230868/1‑67 (MQ=255) tcGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCa < 2:230867/67‑1 (MQ=255) cagGTGGGTAAAGCCGAGGATGTCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGTCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCa < 2:243704/224‑1 (MQ=255) aTGCCGTTGAGCGGGGTGTGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTg < 2:35824/182‑1 (MQ=255) tttaGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGACCTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTcc < 2:62514/117‑1 (MQ=255) ttGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTTGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTg < 2:360800/164‑1 (MQ=255) | GGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTTGAACGGTATGCTGTCGAGCACCAGCTTGCCGGCCTCGATCTTGGAGAAATCGAGGATCTCGTTGATGATTCCCAGCAAGTTGTCAGCAGACTTCTCGATGGTGTTCAGGTAGTCGAGCTGGCGCGGTGTCATCTCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCA > AE015451/1843669‑1844087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |