Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 4,348,705 | 0 | A | G | 46.9% | 10.0 / 43.6 | 32 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | Group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/9); new base G (5/10); total (13/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGC > AE015451/4348501‑4348934 | cGCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 1:225624/237‑1 (MQ=11) gACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTgg < 2:430827/235‑1 (MQ=31) cccTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGAcc < 1:374048/237‑1 (MQ=17) aGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 1:426583/179‑1 (MQ=33) aGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc > 2:426581/1‑179 (MQ=33) ccGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGCCGGCGCCGCCTACTGGCGGCATACCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTc < 1:114835/193‑1 (MQ=16) tgtgGGAAATGTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 2:312605/170‑1 (MQ=18) tACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTCTTGTGCttt > 1:301412/1‑236 (MQ=17) aCGCCTACTGGCGGCATACCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAg < 2:116142/118‑1 (MQ=2) aCTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATTTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGACTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCtgtg > 1:177431/1‑237 (MQ=17) ggcggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgc < 1:234727/144‑1 (MQ=21) aTAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACCGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCCCACCCCGCTGTGCCGCctct > 1:307539/1‑236 (MQ=17) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg < 2:259606/203‑1 (MQ=32) ggCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAg > 1:13038/1‑92 (MQ=14) ggCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAg < 1:390525/92‑1 (MQ=31) ggCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAg > 2:390523/1‑92 (MQ=31) gaggcaggCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCtg < 1:35177/205‑1 (MQ=17) cTTGGTGGCTCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCATCGCCATTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGAcc < 2:352149/127‑1 (MQ=255) ggCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCAc < 1:124310/198‑1 (MQ=18) gcgcGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGc < 1:6369/154‑1 (MQ=33) ggTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCtt > 2:307879/1‑125 (MQ=25) ggTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGt > 2:1803/1‑163 (MQ=18) aCCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 1:27854/73‑1 (MQ=17) ccACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCGGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTc < 1:172388/237‑1 (MQ=17) cACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCAcccc > 2:35177/1‑186 (MQ=33) actacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCTCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGCTTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTgccgc > 2:220717/1‑191 (MQ=18) actacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTCCAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGACCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTCTTg > 2:222697/1‑152 (MQ=16) acGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCg > 1:135385/1‑138 (MQ=21) cTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCCCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAg > 1:105490/1‑202 (MQ=17) tGACTTCTGCACGCGCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGCTCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAcc < 2:323326/160‑1 (MQ=18) ctcGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCt < 2:3131/100‑1 (MQ=255) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCcgc < 1:230922/237‑1 (MQ=17) | CGCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGC > AE015451/4348501‑4348934 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |