| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 951,297 | Δ1 bp | 5.6% | coding (128/2019 nt) | cyoB → | cytochrome bo terminal oxidase subunit I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 951,297 | 0 | A | . | 5.6% | 252.4 / 7.0 | 71 | coding (128/2019 nt) | cyoB | cytochrome bo terminal oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/36); new base . (2/2); total (33/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
GCGGTCGTAGCCACGAAGAAGCAGGCAGCAAAGATCTGGCCACAACCAAGGGTGTGGAATCGAGTATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCT > AE015451/951072‑951524 | gcgGTCGTAGCCACGAAGAAGCAGGCAGCAAAGATCTGGCCACAACCAAGGGTGTGGAATCGAGTATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGc < 1:482245/236‑1 (MQ=255) aGATCTGGCCACAACCAAGGGTGTGGAATCGAGTATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGa < 1:280967/236‑1 (MQ=255) cTGGCCACAACCAAGGGTGTGGAATCGAGTATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCg < 1:929120/235‑1 (MQ=255) acaACCAAGGGTGTGGAATCGAGTATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGAt > 1:772436/1‑236 (MQ=255) gtgtGGAATCGAGTATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTgg > 2:271570/1‑191 (MQ=255) aaTCGAGTATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAACAAGATCGGCGTGATGTACATCAtcgtc > 1:146899/1‑233 (MQ=255) gTATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGactac > 1:825409/1‑187 (MQ=255) gTATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGactac < 2:825406/187‑1 (MQ=255) tATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTtgt > 2:630049/1‑167 (MQ=255) aTGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCg > 2:679714/1‑205 (MQ=255) aTGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCg < 1:679717/205‑1 (MQ=255) aaCCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGAc > 2:787604/1‑188 (MQ=255) aaCCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAATGTCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCAtg > 1:748085/1‑233 (MQ=255) gTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCttt < 1:393015/236‑1 (MQ=255) 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cGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGAGGTACATCAtcgtc > 1:3146/1‑187 (MQ=255) ggTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTAc > 1:646121/1‑236 (MQ=255) tcgAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCGTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCAtgctgct < 1:76461/188‑1 (MQ=255) gAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTAc > 2:801835/1‑221 (MQ=255) gCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTa > 1:452301/1‑217 (MQ=255) gCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAAc > 1:495232/1‑236 (MQ=255) gCGATACCCTAGCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCGTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCg < 2:29101/148‑1 (MQ=255) gcccTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGc < 1:84862/191‑1 (MQ=255) cccTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATg > 1:855656/1‑150 (MQ=255) cccTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACcggcgg > 1:855145/1‑236 (MQ=255) ccTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAAcc < 1:238301/230‑1 (MQ=255) gCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGc > 1:270520/1‑235 (MQ=255) 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tcgGTCTTATCACCGATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGaa < 2:141153/179‑1 (MQ=255) gTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGc < 2:382798/217‑1 (MQ=255) ccTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATg > 1:492715/1‑236 (MQ=255) tATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGTCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATgg < 1:877852/235‑1 (MQ=255) ttgccGCAAGTGGACCTACGTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGCTGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTgccgc < 2:239093/173‑1 (MQ=255) cAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTgccgcc > 2:400609/1‑171 (MQ=255) cAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTgccgcc < 1:400612/171‑1 (MQ=255) gTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGttct < 1:699036/236‑1 (MQ=255) | GCGGTCGTAGCCACGAAGAAGCAGGCAGCAAAGATCTGGCCACAACCAAGGGTGTGGAATCGAGTATGCAACCAGCTGCCGGTGCAGAGGAGTAAGAGATGTTCGGTAAATTAAGCCTGGAGGCGATACCCTATCACGAGCCGATAGTCATGGTGACGCTTGCCATGATCGCGCTCGGCGGTATCGCTGTCGTCGGTCTTATCACCTATTTCCGCAAGTGGACCTACTTGTGGAGCGAGTGGCTGACTACTGTCGACCACAAAAAGATCGGCGTGATGTACATCATCGTCGCGATGGTCATGCTGCTGCGCGGCTTTGCCGACGCCATCATGATGCGTACCCAGCTGGCTGCCGCAACCGGCGGCTCCGAAGGCTACCTGCCGCCTGAACACTATGACCAGATCTTCACCGCTCACGGTGTGATCATGATCATCTTCATGGCGATGCCGTTCT > AE015451/951072‑951524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |