| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 1,926,514 | C→A | 5.6% | D118Y (GAC→TAC) | PP_1726 ← | ABC transporter, periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,926,514 | 0 | C | A | 5.6% | 227.9 / 2.6 | 64 | D118Y (GAC→TAC) | PP_1726 | ABC transporter, periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/22); new base A (2/2); total (40/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGTAGGCGATGGCCGCAGCCAGCACACCGTTGGCGGCCTGGGCGGCGGTGCCGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGTGCCTTTCCAGTTTGCCCAGGCGTCGGGCATGCCCAC > AE015451/1926297‑1926739 | ttGTAGGCGATGGCCGCAGCCAGCACACCGTTGGCGGCCTGGGCGGCGGTGCCGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAg < 1:896220/222‑1 (MQ=255) cacaCCGTTGGCGGCCTGGGCGTCGGTGCCGACGGCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCGTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggc < 1:481135/221‑1 (MQ=255) cacaCCGTTGGCGGCCTGGGCGGCGGTGCCGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGGACCAGGTgcttggc < 1:155908/208‑1 (MQ=255) cggcCTGGGCGGCGGTGCCGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCggg < 1:99362/236‑1 (MQ=255) gcCTGGGCGGCGGTGCCGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGGACCAgg > 2:155907/1‑187 (MQ=255) cggcggTGCCGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTcc > 2:878714/1‑176 (MQ=255) ccGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggct > 2:465505/1‑194 (MQ=255) gATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGACGGCGGCCCCCACGTCACCg > 1:444109/1‑232 (MQ=255) gATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATg > 1:899410/1‑235 (MQ=255) gCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCgg < 1:60714/235‑1 (MQ=255) gcccTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACcgc < 2:297837/193‑1 (MQ=255) gACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGgcg > 1:630777/1‑235 (MQ=255) tGTCCTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCgg < 2:865721/228‑1 (MQ=255) aCTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCAc > 1:32260/1‑211 (MQ=255) tttCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTtct > 1:755696/1‑236 (MQ=255) ccAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTtct > 2:662528/1‑231 (MQ=255) ccAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCt > 1:909845/1‑236 (MQ=255) cAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCGTGACCAGGGCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTAGAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACcg < 2:53505/173‑1 (MQ=255) gTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAggc > 2:182825/1‑186 (MQ=255) ccAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACt > 2:642459/1‑233 (MQ=255) cAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGAGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCTCATTCCGGCACCTCGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAggcg > 1:402000/1‑180 (MQ=255) aGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGc > 1:197356/1‑235 (MQ=255) aGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCGGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCggg > 1:191787/1‑170 (MQ=255) cGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGc < 1:465508/236‑1 (MQ=255) tCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGa < 1:326573/236‑1 (MQ=255) tctTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGcc < 1:751464/231‑1 (MQ=255) ccAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTg > 2:726383/1‑206 (MQ=255) ccAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTg < 1:726386/206‑1 (MQ=255) ccAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTGGTCCTTCTCGGCTTc > 1:226071/1‑199 (MQ=255) cTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCa < 2:755693/221‑1 (MQ=255) cTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCtgt > 2:869150/1‑236 (MQ=255) cTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCtg > 1:308313/1‑235 (MQ=255) atgaAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTgg > 1:601930/1‑201 (MQ=255) aGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTg > 2:805714/1‑184 (MQ=255) aGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTg < 1:805717/184‑1 (MQ=255) cGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTg > 1:134744/1‑236 (MQ=255) cAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTcc > 2:568215/1‑232 (MQ=255) aGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAg > 2:596088/1‑234 (MQ=255) gcCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGTGcc < 1:596091/236‑1 (MQ=255) cccAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCCCATGTCGgtg > 2:553042/1‑188 (MQ=255) ccAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGCGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGGGcc > 1:166456/1‑234 (MQ=255) ccAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGTGCCtt > 1:151017/1‑236 (MQ=255) ccAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGTGCCtt > 1:689127/1‑236 (MQ=255) ccAGTGCCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTACGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCa > 2:274364/1‑115 (MQ=255) ggCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCTCGATCGGGCCGAAgg > 1:577443/1‑96 (MQ=255) ccGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCTGGTGCTTGGCTTCTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCCCATGTCGGTGTc < 1:887233/182‑1 (MQ=255) tccttgtccttgGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTGGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTTGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCt < 1:196515/203‑1 (MQ=255) ttgtccttgGCCCATTCCGGCACCTGGGACCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggc > 1:543301/1‑55 (MQ=255) ttgtccttgGCCCATTCCGGCACCTGGGACCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggc < 2:543298/55‑1 (MQ=255) tcctttGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCGTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGATCACCGCGATTGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGtt < 2:78742/148‑1 (MQ=255) ccttgGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCa < 2:584849/162‑1 (MQ=255) ccttgGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCa > 1:584852/1‑162 (MQ=255) cttgGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTccc < 2:630774/209‑1 (MQ=255) cccATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGTGCCTTTCCAGTTTGCCCAGGCg > 1:425989/1‑230 (MQ=255) cccATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGTGCCTTTCCAGTTTGCCCAGGCGTCgg > 2:780178/1‑234 (MQ=255) ccATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGACGGCGGCa > 2:295835/1‑82 (MQ=255) ccATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCTACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGCCCAGGTCTTCCCa > 2:78063/1‑204 (MQ=255) ccATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCGTCCCAGGTGCCTTTCCAGTTTGCCCAGGCGTCgg > 1:284411/1‑233 (MQ=255) ccATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTCGTCCTTCTCGGCTTCGCACTTGGCCCGTTCCTGGGcc > 2:27036/1‑148 (MQ=255) cGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTg > 2:323226/1‑100 (MQ=255) cGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTg < 1:323229/100‑1 (MQ=255) cGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGTGCCTTTCCAGTTTGccc > 2:660150/1‑218 (MQ=255) gCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGTGCCTTTCCAGTTTGCCCAGGCGTCGGGCATGCCCAc < 1:855337/235‑1 (MQ=255) cACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTTCGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGTGCCTTTCCAGTTTGCCCAGGCGTCGGGCATGccc < 2:487488/232‑1 (MQ=255) tCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGc > 2:155323/1‑156 (MQ=255) | TTGTAGGCGATGGCCGCAGCCAGCACACCGTTGGCGGCCTGGGCGGCGGTGCCGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTCGGTGTCGCTGTGCTTGAGGCCGTACTTGCTGGCCAGGTCTTCCCAGGTGCCTTTCCAGTTTGCCCAGGCGTCGGGCATGCCCAC > AE015451/1926297‑1926739 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |