| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 226,907 | C→G | 8.0% | A61G (GCC→GGC) | PP_0175 → | putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 226,907 | 0 | C | G | 8.0% | 155.1 / 4.2 | 49 | A61G (GCC→GGC) | PP_0175 | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/14); new base G (2/2); total (33/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
GGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGCCGAACTGGTGCGCTTGCGCCGCGATGTGCTCGGCGGTATCGATCAGGCCGACCTGGAAGCTGCCTTGCGTGTGCT > AE015451/226678‑227129 | gggCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCgg > 1:20141/1‑233 (MQ=255) ctGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGccc < 2:646737/235‑1 (MQ=255) gTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCt > 1:915576/1‑236 (MQ=255) aaaCTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTTCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCg > 1:603186/1‑228 (MQ=255) aaaCTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCg > 1:376560/1‑228 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACtgtg > 1:375330/1‑235 (MQ=255) ttCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACt > 2:709881/1‑232 (MQ=255) tCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTg < 2:380714/191‑1 (MQ=255) aTGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCTCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCt > 2:167554/1‑188 (MQ=255) 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gCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTgcg > 1:467826/1‑236 (MQ=255) cccGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGaaa < 2:572997/141‑1 (MQ=255) ccGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATcg < 1:251855/216‑1 (MQ=255) tGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGAc < 2:777841/159‑1 (MQ=255) tGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGCGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGc < 1:484427/236‑1 (MQ=255) gggcggcGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGgccgcc < 2:176275/122‑1 (MQ=255) tggcATGCCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGACCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAg < 1:97202/226‑1 (MQ=255) gCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGa > 2:256533/1‑176 (MQ=255) ccTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTgcgc > 1:655104/1‑206 (MQ=255) aCCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGgccgc < 1:64491/95‑1 (MQ=255) aCCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGgccgc > 2:64491/1‑95 (MQ=255) aCCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGaa > 2:570270/1‑168 (MQ=255) aCCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGa > 2:594290/1‑212 (MQ=255) tCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGGCGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGtgtg < 2:249283/143‑1 (MQ=255) tgcgctgcgcCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGa > 2:553371/1‑206 (MQ=255) gctgcgcCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGCCGAACTGGTGCGCTTGcgccg > 1:185008/1‑236 (MQ=255) ctgcgcCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGCCGAACTGGTGCGCTTgc < 1:709884/231‑1 (MQ=255) 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1:607505/1‑235 (MQ=255) tgGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGCCGAACTGGTGCGCTTGCGCCGCGATGTGCTCGGCGGTATCGATCAGGCCGACCTGGAAGCTGCCTTGCGTGTGCt < 1:670671/235‑1 (MQ=255) cccAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGCCGAACTGGTGCGCTTGCGCCGCGATGTGCTCGGCGGTATCGAt > 1:680935/1‑200 (MQ=255) cAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCg > 2:659714/1‑142 (MQ=255) cAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGCCGAACTGGTGCGCtt < 2:300673/170‑1 (MQ=255) cgccgGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGCCGAACTGGTGCGCTTGCGCCGCGAt > 2:183623/1‑175 (MQ=255) | GGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGCCGAACTGGTGCGCTTGCGCCGCGATGTGCTCGGCGGTATCGATCAGGCCGACCTGGAAGCTGCCTTGCGTGTGCT > AE015451/226678‑227129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |