| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 699,722 | A→G | 55.8% | intergenic (+115/‑129) | PP_t06 → / → PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 699,722 | 0 | A | G | 55.8% | ‑0.9 / 170.3 | 122 | intergenic (+115/‑129) | PP_t06/PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/22); new base G (36/32); total (68/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGT > AE015451/699499‑699890 | gACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAg < 1:537610/235‑1 (MQ=18) aCCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAg < 1:934752/234‑1 (MQ=35) cTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTc < 1:800411/236‑1 (MQ=35) aCCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAac < 1:639157/225‑1 (MQ=21) cATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCAct > 1:15854/1‑235 (MQ=33) ttACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgct > 1:622929/1‑236 (MQ=34) ttACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgc > 1:729475/1‑235 (MQ=34) tGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGCACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggt > 1:628809/1‑234 (MQ=18) tGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCa > 2:704669/1‑226 (MQ=21) tGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg > 1:616326/1‑235 (MQ=34) gTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCAGAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAac < 2:162905/214‑1 (MQ=21) aGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCCGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCat > 1:225030/1‑234 (MQ=18) aGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCa > 1:682533/1‑234 (MQ=21) aGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGaa > 1:512645/1‑209 (MQ=34) cGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGttt > 2:833071/1‑215 (MQ=25) cGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTa > 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tACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCtggg > 2:240019/1‑217 (MQ=21) tACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTaaa > 1:596878/1‑236 (MQ=25) tACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTaaa > 1:722327/1‑236 (MQ=33) 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> 1:846703/1‑218 (MQ=21) ggAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTCATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGaaa < 1:580021/236‑1 (MQ=25) gagCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAATTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 2:77069/1‑197 (MQ=21) cctgcctTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAaga > 2:486311/1‑230 (MQ=34) ctgcctTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCActgct > 2:531153/1‑185 (MQ=37) 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GACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGT > AE015451/699499‑699890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |