| Predicted mutation | |||||||
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| RA | AE015451 | 2,187,723 | Δ1 bp | 10.9% | coding (803/915 nt) | PP_5491 ← | conserved protein of unknown function with SEC‑C motif domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AE015451 | 2,187,723 | 0 | T | . | 10.9% | 386.3 / 35.0 | 110 | coding (803/915 nt) | PP_5491 | conserved protein of unknown function with SEC‑C motif domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/41); new base . (7/5); total (64/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TAATTTGATCCTAAATAAGAAGCTATTCTCCAGACTTCTGCTAATAAAAATCCTGTCGATAGTATTCTCAGAAATACCATAAACTCTGGGATCTTCATTTCAGGCTTCATCTTGCCCATAACTACTCCTTGAACGCGCTATGGGCATGTAGTGCCGACTTAGATGTTTCACTCGAAATAAGCAAGGGGTGGGTGGCGTTTAGTAAAGGCCCTATCGAAATGTTCATGTGAATGTGCGCCATTCGTTCAGACTTGATACAGCAGCTTTTGTACTTCTTTCCGCTCCCGCAGTAGCAGGGTGAGTTTCGAGGTGCACGCTTGTGGTCAGGGTCTGGGCGATGTGACTCAATTAAATTGACTCGTGCGATGCTTAGTGGTGAGCATTTCTTTGAATTGAACTCACCGATCAGCTTTCGGAATAAATCAAACTGCTGGTGATTGTCATCTGGTATGAGCACTAGTCGTTT > AE015451/2187490‑2187955 | tAATTTGATCCTAAATAAGAAGCTATTCTCCAGACTTCTGCTAATAAAAATCCTGTCGATAGTATTCTCAGAAATACCATAAACTCTGGGATCTTCATTTCAGGCTTCATCTTGCCCATAACTACTCCTTGAACGCGCTATGGGCATGTAGTGCCGACTTAGATGTTTCACTCGAAATAAGCAAGGGGTGGGTGGCGTTTAGTAAAGGCCCTATCGAAATGTTCATGTGAATGTgc > 1:423244/1‑236 (MQ=255)tAATTTGATCCTAAATAAGAAGCTATTCTCCAGACTTCTGCTAATAAAAATCCTGTCGATAGTATTCTCAGAAATACCATAAACTCTGGGATCTTCATTTCAGGCTTCATCTTGCCCATAACTACTCCTTGAACGCGCTATGGGCATGTAGTGCCGACTTAGATGTTTCACTCGAAATAAGCAAGGGGTGGGTGGCGTTTAGTAAAGGCCCTATCGAAATGTTCATGTGAATGTgc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |