| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 4,083,052 | T→A | 5.2% | G17G (GGT→GGA) ‡ | PP_3593 → | Amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 4,083,052 | 0 | T | A | 5.2% | 263.2 / 5.8 | 77 | G17G (GGT→GGA) ‡ | PP_3593 | Amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/31); new base A (2/2); total (44/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.25e-02 | |||||||||||
TGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGACCGGATGTTGAAAAACGCTTGGAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATGCCCTGTGCGAACAGATGAAAGTCGAATGCACGCTGGTGGCGCAGGACTGGGAAGGCATCATCCCCGCCCTGATGGCGCGCAAGTATGACGCGATAGTGGCATCGATGATCGACAC > AE015451/4082821‑4083276 | tGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGACCGGATGTTGAAAAACGCTTGGAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTg > 2:632705/1‑233 (MQ=255) gggAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGACCGGATGTTGAAAAACGCTTGGAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTgccgc > 1:1072017/1‑236 (MQ=255) gAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGACCGGATGTTGAAAAACGCTTGGAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCTGCCa < 1:632708/236‑1 (MQ=255) ccTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGACCGGATGTTGAAAAACGCTTGGAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTg > 1:372402/1‑223 (MQ=255) ccTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGACCGGATGTTGAAAAACGCTTGGAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGa > 1:1264705/1‑236 (MQ=255) cgacgaTGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGACCGGATGTTGAAAAACGCTTGGAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTg > 2:1091209/1‑232 (MQ=255) cgaTGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGACCGGATGTTGAAAAACGCTTGGAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAAcc < 2:694099/234‑1 (MQ=255) gTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGACCGGATGTTGAAAAACGCTTGGAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCAc < 2:1072014/234‑1 (MQ=255) 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1:236274/1‑162 (MQ=255) ggAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACaa > 2:872429/1‑220 (MQ=255) cGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGccc < 2:979317/182‑1 (MQ=255) aCATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATg < 1:781433/234‑1 (MQ=255) aCGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTAc < 2:836567/165‑1 (MQ=255) 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cTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCg < 1:1103735/129‑1 (MQ=255) cTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCg > 2:1103732/1‑129 (MQ=255) cTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATGccc > 1:439324/1‑213 (MQ=255) cTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATGCCCTGTGCGAACAGATGAAAGTCGa < 1:13954/235‑1 (MQ=255) 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gtgcgCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGa > 2:526234/1‑120 (MQ=255) gtgcgCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGa < 1:526237/120‑1 (MQ=255) gtgcgCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATGCCCTGTGCGAACAGATGAAAGTCGAATGCACGCTGGTGGCGCAGGACTGGGAAGGCATCATCCCCGCCCTGATGGCGCGCAAGTATGACGCGATAGTGGCATCga > 1:495633/1‑236 (MQ=255) gcCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATGCCCTGTGCGAACAGATGAAAGTCGAATGCACGCTGGTGGCGCAGGACTGGGAAGGCATCATCCCCGCCCTGATGGCGCGCAAGTATGACGCGATAGTGGCATCgatgat > 1:711112/1‑236 (MQ=255) cccTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCt > 2:590512/1‑105 (MQ=255) ccTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATGCCCTGTGCGAACAGATGAAAGTCGAATGCACGCTGGTGGCGCAGGACTGGGAAgg < 1:117757/180‑1 (MQ=255) ctgctgGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATGccc > 2:602366/1‑124 (MQ=255) ctgctgGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATGCCCTGTGCGAACAGATGAAAGTCGAATGCACGCTGGTGGCGCAGGACTGGGAAGGCATCATCCCCGCCCTGATGGCGCGCAAGTATGACGCGATAGTGGCATCGATGATCGacac > 1:633596/1‑236 (MQ=255) gCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATGCCCTGTGCGAACAGATGAAAGTCGAATGCACGCTGGTGGCGCAGGACTGGGAAGGCATCATCCCCGccc > 1:921777/1‑184 (MQ=255) | TGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGACCGGATGTTGAAAAACGCTTGGAAGCAACTGCCGCTCTACATAACGAATTCGTCGGCTACACCTCGTGGTCGACGGGCAAACAACAATAGCAAGAGTGCAATGAGGTGCGAGATGAACAAGTCCATGGCCTTGCTGGGTGCGTGCGCCCTGCTGCTGGCGGGTGCCGCCAGCGCTGAAACCCTGCGGTTCGCCACCGAGGGTGCCTACCCGCCCTTCAACTATGTAGACGCCGATAACAAGCTGCACGGCTTTGATGTCGACATCACCCATGCCCTGTGCGAACAGATGAAAGTCGAATGCACGCTGGTGGCGCAGGACTGGGAAGGCATCATCCCCGCCCTGATGGCGCGCAAGTATGACGCGATAGTGGCATCGATGATCGACAC > AE015451/4082821‑4083276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |