| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 6,070,376 | T→A | 6.7% | D90V (GAC→GTC) | PP_5324 ← | Response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 6,070,376 | 0 | T | A | 6.7% | 216.2 / 5.5 | 60 | D90V (GAC→GTC) | PP_5324 | Response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/26); new base A (2/2); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
TCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCGTTGATAGCGTCGTCGATGGCCATACCCGGGAAGGCATTACGCAGACACTTGCGGACCAGATCACG > AE015451/6070172‑6070599 | tCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAg > 1:1138097/1‑236 (MQ=255) gggCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGt < 1:474870/236‑1 (MQ=255) cTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGcc < 1:491817/204‑1 (MQ=255) cccGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAg < 1:15414/236‑1 (MQ=255) gCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGt > 1:217549/1‑206 (MQ=255) gcgTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAgg > 1:456363/1‑216 (MQ=255) gcgTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGACGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGgctgct > 1:411318/1‑235 (MQ=255) gcgTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGACGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGgctgct > 1:411317/1‑235 (MQ=255) gTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGAc > 1:1060346/1‑236 (MQ=255) aaCGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGc < 1:782288/187‑1 (MQ=255) aaCGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGc > 2:782285/1‑187 (MQ=255) aaCGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGt > 1:1037236/1‑219 (MQ=255) tGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTc < 1:267867/218‑1 (MQ=255) gcgcCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAg > 1:1226320/1‑187 (MQ=255) cgcCGGGCCGATGGCCAGCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCatga < 1:605203/167‑1 (MQ=255) cGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTcc > 1:404880/1‑236 (MQ=255) aTGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTGGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTCCAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGgctgc < 1:368094/186‑1 (MQ=255) gCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTGGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTc < 1:66444/236‑1 (MQ=255) cATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTc < 2:522707/234‑1 (MQ=255) gTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCa < 1:1133990/236‑1 (MQ=255) gAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACAt < 1:852609/204‑1 (MQ=255) aGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCCCAGGACCAGGt > 1:458926/1‑235 (MQ=255) cTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGc < 1:986128/145‑1 (MQ=255) tACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGACGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTc < 2:411314/232‑1 (MQ=255) aCCGAGCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTTCAGGCTGCTGACGGCACTAGGTCAGCAATTCCa > 2:534349/1‑188 (MQ=255) cGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAAc < 2:1138094/233‑1 (MQ=255) tCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTcc > 1:371135/1‑236 (MQ=255) tGGCCAGGGCTTGCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACCCCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCt < 2:327720/115‑1 (MQ=255) ggCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAg < 2:1006176/207‑1 (MQ=255) ctttctttACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGcatg > 1:1243628/1‑236 (MQ=255) tttctttACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGt > 1:581615/1‑197 (MQ=255) tttctttACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGcatgg > 1:846341/1‑236 (MQ=255) tttctttACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGc > 2:1213474/1‑232 (MQ=255) ttctttACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGcatggc < 1:766921/236‑1 (MQ=255) tttACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGACGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTc < 2:411315/209‑1 (MQ=255) aCCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGcatggccat > 1:363919/1‑233 (MQ=255) aCCTTGGTCACCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTCCAAAATCGGAAACCCCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAgg < 1:171546/198‑1 (MQ=255) ttGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGCCCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGcatggccatg > 1:457360/1‑231 (MQ=255) ggTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCtttc > 1:722850/1‑234 (MQ=255) tCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGa > 1:122953/1‑236 (MQ=255) cagcagTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGAc > 1:740936/1‑236 (MQ=255) agcagTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAGATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGAc > 1:915309/1‑235 (MQ=255) tCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCa < 2:963049/150‑1 (MQ=255) gTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCGGGGCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTc > 1:866828/1‑167 (MQ=255) aCGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGATCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCGTTGATAGCGTCGTCGATg < 1:690899/236‑1 (MQ=255) cTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTc < 2:390513/169‑1 (MQ=255) cTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCGTTGATAGCGTCGTCGATGGCCATAccc > 1:111615/1‑236 (MQ=255) cTACAAAACCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCGTTGATa < 1:154120/215‑1 (MQ=255) ggACACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTGCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCGTTGATAGCGTCGTCGATGGCCATACCCGGGAAgg < 2:621551/233‑1 (MQ=255) gcccGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGcc < 2:110693/113‑1 (MQ=255) cccGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCAGGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGgctgct < 2:250272/85‑1 (MQ=255) cGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGAACAGGACCAGGTCGAACGATTCCTTGCCGAGcatggcca > 2:1172948/1‑176 (MQ=255) tGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGCCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAAGTCGAACGCCTCCTTGCCg > 2:1166098/1‑162 (MQ=255) cGCCTGAATGACGGTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTACGACCGTTGATAGCGTCGTCGa > 2:814146/1‑197 (MQ=255) gCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCt > 2:571733/1‑172 (MQ=255) aCGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCGTTGATAGcgt > 2:396259/1‑181 (MQ=255) aCGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCGTTGATAGCGTCGTCGATGGCCATACCCGGGAAGGCATTACGCAGACACTTGCGGACCAGATCACg > 1:1149690/1‑236 (MQ=255) ttCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCt < 2:1242505/139‑1 (MQ=255) ctcCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCGTTGATAGCGTCGTCGATGGCCATACCCGGGAAGGCATTACGc < 2:1226317/208‑1 (MQ=255) gTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCg > 2:335285/1‑160 (MQ=255) tCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCGTTGATAGCGTCGTCGATGGCCATACCCg < 2:122953/187‑1 (MQ=255) | TCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTTGCCTACAAAATCGGAAACACCCGCCTGGATCGCCTGAATGACGTTCTCCTTGTCGCCACGGCTGGTCACCATGATGAACTGCAGGTTCTTCAGTGCAGGCTGCTGACGGCACCAGGTCAGCAATTCCAAGCCAGACATTTCCGGCATTTCCCAGTCGCACAGGACCAGGTCGAACGCTTCCTTGCCGAGCATGGCCATGGCCTTGCGACCGTTGATAGCGTCGTCGATGGCCATACCCGGGAAGGCATTACGCAGACACTTGCGGACCAGATCACG > AE015451/6070172‑6070599 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |