Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | AE015451 | 5,674,750:1 | +G | 100% | intergenic (+112/+28) | rhlE‑II → / ← yceI | ATP‑dependent RNA helicase/polyisoprene‑binding protein, acidic stress response factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 5,674,750 | 1 | . | G | 100.0% | 125.5 / NA | 35 | intergenic (+112/+28) | rhlE‑II/yceI | ATP‑dependent RNA helicase/polyisoprene‑binding protein, acidic stress response factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base G (26/9); total (26/9) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GGACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGC‑GCGCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCAT > AE015451/5674551‑5674972 | ggACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGc < 1:338831/219‑1 (MQ=255) ccGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGc < 1:147489/209‑1 (MQ=255) aCGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCtt < 1:439193/235‑1 (MQ=255) cccACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAg > 1:159696/1‑236 (MQ=255) aCGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCCCGGTTTTCAg > 1:280506/1‑170 (MQ=255) ctgctgACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCGCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGCTTTCAGCTGGCCGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTgca > 1:19409/1‑189 (MQ=38) aCCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGCTAGGGCCGCAACGCGGCACCCTCGGTTTTCAGCTTGCAGACATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGcta > 1:38552/1‑186 (MQ=38) gTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCgtggtg < 1:408113/235‑1 (MQ=255) ccGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCgtggtggtg > 1:370451/1‑235 (MQ=255) gggCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCCGCTGGCAGCAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGCCACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCCAAGTCGCAcc > 2:99342/1‑186 (MQ=38) gggCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCgttcagg > 1:342371/1‑214 (MQ=255) gggCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCg > 1:198377/1‑208 (MQ=255) gggCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCg > 1:486718/1‑232 (MQ=255) gctTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCa > 1:297944/1‑236 (MQ=255) cccTATCACGACACCACGCCGCTCCTGCCGAGAATTACTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTCCTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGat < 2:223019/142‑1 (MQ=37) aaGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATg > 2:294447/1‑232 (MQ=255) ccGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGACGTAGCACCCGGGCCTTTGATGcc > 2:353537/1‑169 (MQ=255) cTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCCGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGc > 1:3036/1‑193 (MQ=255) cTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCgttcaggt > 2:210923/1‑177 (MQ=255) tctACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCt < 2:370447/213‑1 (MQ=255) gAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGt > 2:186387/1‑220 (MQ=255) gCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGc > 2:319707/1‑234 (MQ=255) gCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCtt > 1:399230/1‑236 (MQ=255) ccTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTc < 2:297696/178‑1 (MQ=255) ccTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTc > 1:297700/1‑178 (MQ=255) ccTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGc > 2:285295/1‑233 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTTATAtccaggtc > 1:118081/1‑92 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAgc > 2:416399/1‑170 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAgg > 2:331836/1‑211 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGt > 1:449188/1‑236 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGt > 1:432946/1‑236 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTCaa > 1:231426/1‑209 (MQ=255) tcaTAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCt < 1:239480/165‑1 (MQ=255) tAGGGCCGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACAcc > 1:219301/1‑231 (MQ=255) aGGGCAGCAAAGCGGCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCAt < 1:164193/236‑1 (MQ=255) | GGACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGC‑GCGCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCAT > AE015451/5674551‑5674972 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |