| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 4,454,592 | C→T | 10.3% | R4H (CGC→CAC) | nicS ← | HTH‑type transcriptional repressor NicS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 4,454,592 | 0 | C | T | 10.3% | 113.1 / 5.5 | 39 | R4H (CGC→CAC) | nicS | HTH‑type transcriptional repressor NicS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/16); new base T (2/2); total (21/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
CAGCACACTGATGAACAGCTTTTCCTTGCTACCGAAGTAGTAATAGATCATCCGGTCGTTGGACTTGGCCAGCGTGGAGATCTGCTCGATGCGCCCGCCAGTGAAGCCTTCCTTGCTGAAGACCTTCACTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGCTTTTTCGGCTGGGCAAACCCGCTCTCCGTCCGCTACCGGCCTGGAAGTCAGCAGTCATCGGGGCTGGCTTGCACCTGATCATTGGCAGGTACAGCCAGCCGGATCATGACGGGCTCCCGGGTTACCGGACAGGTGCGT > AE015451/4454402‑4454803 | cAGCACACTGATGAACAGCTTTTCCTTGCTACCGAAGTAGTAATAGATCATCCGGTCGTTGGACTTGGCCAGCGTGGAGATCTGCTCGATGCGCCCGCCAGTGAAGCCTTCCTTGCTGAAGACCTTCACTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCtgt > 1:63196/1‑213 (MQ=255) atgaACAGCTTTTCCTTGCTACCGAAGTAGTAATAGATCATCCGGTCGTTGGACTTGGCCAGCGTGGAGATCTGCTCGATGCGCCCGCCAGTGAAGCCTTCCTTGCTGAAGACCTTCACTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGTGAGTTTGCATGt > 1:130883/1‑193 (MQ=255) atgaACAGCTTTTCCTTGCTACCGAAGTAGTAATAGATCATCCGGTCGTTGGACTTGGCCAGCGTGGAGATCTGCTCGATGCGCCCGCCAGTGAAGCCTTCCTTGCTGAAGACCTTCACTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGTGAGTTTGCATGt < 2:130879/193‑1 (MQ=255) atgaACAGCTTTTCCTTGCTACCGAAGTAGTAATAGATCATCCGGTCGTTGGACTTGGCCAGCGTGGAGATCTGCTCGATGCGCCCGCCAGTGAAGCCTTCCTTGCTGAAGACCTTCACTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGa > 2:269520/1‑235 (MQ=255) atgaACAGCTTTTCCTTGCTACCGAAGTAGTAATAGATCATCCGGTCGTTGGACTTGGCCAGCGTGGAGATCTGCTCGATGCGCCCGCCAGTGAAGCCTTCCTTGCTGAAGACCTTCACTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGAc < 1:269524/236‑1 (MQ=255) tgaACAGCTTTTCCTTGCTACCGAAGTAGTAATAGATCATCCGGTCGTTGGACTTGGCCAGCGTGGAGATCTGCTCGATGCGCCCGCCAGTGAAGCCTTCCTTGCTGAAGACCTTCACTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTTTggg > 2:149253/1‑205 (MQ=255) 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(MQ=255) gcccgccAGTGAAGCCTTCCTTGCTGAAGACCTTCACTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGCTTTTTCGGCTGGGCAAACCCGCTCTCCGTCCGCTACCGGCCTGGAAGTCAGCAGTCATCgg < 2:194131/233‑1 (MQ=255) ctgccAGTGAAGCCTTCCTTGCTGAAGACCTGCACTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCa < 2:44083/104‑1 (MQ=255) cTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGCTTTTTCGGCTGGGCAAACCCGCTCTCCGTCCGCTACCGGCCTGGAAGTCAGCAGTCATCGGGGCTGGCTTGCACCTGATCATTGGCAGGTAcagccagc > 1:333717/1‑235 (MQ=255) gCCTTGAGAATCTTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGCTTTTTCGGCTGGGCAAACCCGCTCTCCGTCCGCTACCGGCCTGGAAGTca < 1:81882/181‑1 (MQ=255) gCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGc < 2:388119/131‑1 (MQ=255) ttGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGTGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGCTTTTTCGGCTGGGCAAACCCGCTCTCCGTCCGCTACCGGCCTGGAAGTCAGCAGTCATCg > 2:30573/1‑188 (MQ=255) ttGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGTGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGCTTTTTCGGCTGGGCAAACCCGCTCTCCGTCCGCTACCGGCCTGGAAGTCAGCAGTCATCg < 1:30575/188‑1 (MQ=255) tGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGCTTTTTCGGCTGGGCAAACCCGCTCTCCGTCCGCTACCGGCCTGGAAGTCAGCAGTCATCGGGGCTGGCTTGCACCTGATCATTGGCAGGTACAGCCAGCCGGATCATg < 1:376928/235‑1 (MQ=255) 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tgctgGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGCTTTTTCGGCTGGGCAAACCCGCTCTCCGTCCGCTACCGGCCTGGAAGTCAGCAGTCATCGGGGCTGGCTTGCACCTGATCATTGGCAGGTACAGCCAGCCGGATCATGACGGGCTCCCGGGTTACCGGACAGGTGCGt > 1:418439/1‑236 (MQ=255) cacCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGCTTTTTCGGCTGGGCAAACCCGCTCTCCGTCCGCTACCGGCCTGGAAGTCAGCAGTCATCGGGGCTGGCTTGCACCTGATCATTGGCAGGTACAGCCAGCCGGATCATGACGGGCTc < 1:380454/201‑1 (MQ=255) | CAGCACACTGATGAACAGCTTTTCCTTGCTACCGAAGTAGTAATAGATCATCCGGTCGTTGGACTTGGCCAGCGTGGAGATCTGCTCGATGCGCCCGCCAGTGAAGCCTTCCTTGCTGAAGACCTTCACTGCGGCCTTGAGAATATTGTCCCGGGTACGGTCGGCCTGCTGGGCGCGAACACCGGTTTTGCGAGTTTGCATGTCGGTCCCTGTGGGGCTGGCCAGATACCCAACACTGCCACAGACATTGAGCCATTGCGCGGCTTTTTCGGCTGGGCAAACCCGCTCTCCGTCCGCTACCGGCCTGGAAGTCAGCAGTCATCGGGGCTGGCTTGCACCTGATCATTGGCAGGTACAGCCAGCCGGATCATGACGGGCTCCCGGGTTACCGGACAGGTGCGT > AE015451/4454402‑4454803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |