| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 4,577,672 | C→T | 8.2% | L320L (CTG→TTG) | PP_4057 → | conserved membrane protein of unknown function with autotransporter beta‑domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 4,577,672 | 0 | C | T | 8.2% | 149.3 / 3.6 | 49 | L320L (CTG→TTG) | PP_4057 | conserved membrane protein of unknown function with autotransporter beta‑domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/25); new base T (2/2); total (22/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
CCAGCCGAGCTGGAGCGGCCGGGTCGGTGCCAAGTTGTCCGGGCGCTACGAAGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCG > AE015451/4577482‑4577839 | ccagccGAGCTGGAGCGGCCGGGTCGGTGCCAAGTTGTCCGGGCGCTACGAAGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGcc < 1:215074/235‑1 (MQ=255) gccGAGCTGGAGCGGCCGGGTCGGTGCCAAGTTGTCCGGGCGCTACGAAGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGGGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGAt > 1:2926/1‑235 (MQ=255) aGCGGCCGGGTCGGTGCCAAGTTGTCCGGGCGCTACGAAGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTa < 1:335340/227‑1 (MQ=255) tGCCAAGTTGTCCGGGCGCTACGAAGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCa < 2:509975/203‑1 (MQ=255) tCCGGGCGCTACGAAGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATg < 2:450135/220‑1 (MQ=255) gggCGCTACGAAGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGcc > 1:75623/1‑195 (MQ=255) ggCGCTACGAAGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGAtgt < 2:329602/211‑1 (MQ=255) cTACGAAGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCa < 1:196009/185‑1 (MQ=255) aaGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCa > 2:323640/1‑180 (MQ=255) aaGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCa < 1:323644/180‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTa < 2:366162/155‑1 (MQ=255) ccAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCggtggt < 1:433537/222‑1 (MQ=255) aaCGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGCAGGCAGGGCCGGcccc > 1:485007/1‑236 (MQ=255) aCGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGAtgt > 2:315569/1‑163 (MQ=255) aCGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCt > 1:131850/1‑236 (MQ=255) gtgGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGAt < 2:289873/186‑1 (MQ=255) gtgGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGAt > 1:289877/1‑186 (MQ=255) tATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCGCCTTCGCggg > 1:334360/1‑235 (MQ=255) cTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTAca > 1:160479/1‑140 (MQ=255) cTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTAca < 2:160475/140‑1 (MQ=255) cAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGTTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTaa < 1:42983/230‑1 (MQ=255) gCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGTTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCggtggt < 2:135676/201‑1 (MQ=255) gCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGTTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCggtggt > 1:135680/1‑201 (MQ=255) cAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCgttgtt > 1:442130/1‑117 (MQ=255) cAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCgttgtt < 2:442126/117‑1 (MQ=255) cAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTGCGGTGGCGGTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAAGGACATGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCgg < 2:208332/190‑1 (MQ=255) aaTGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACgg > 1:182016/1‑164 (MQ=255) tGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGc < 2:155775/185‑1 (MQ=255) cGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGAGGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCt > 2:308296/1‑174 (MQ=255) aTGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACgg > 1:119627/1‑235 (MQ=255) aGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCa > 1:326314/1‑236 (MQ=255) gTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACggg < 2:454416/216‑1 (MQ=255) aaGAGCTCCAGCGCGCGCGATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATGGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGa < 2:19828/95‑1 (MQ=255) gCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCAccg < 2:326310/206‑1 (MQ=255) tATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt < 2:273263/185‑1 (MQ=255) ggATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTaa < 2:343610/154‑1 (MQ=255) ttGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGCACGGGTTGATTGGCAGCCTTg > 2:2375/1‑106 (MQ=255) ttGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCgg > 1:264743/1‑114 (MQ=255) ttGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCgg < 2:264739/114‑1 (MQ=255) ggggCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGTCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGGGCGGATGc > 1:105619/1‑116 (MQ=255) | CCAGCCGAGCTGGAGCGGCCGGGTCGGTGCCAAGTTGTCCGGGCGCTACGAAGTGCGCGGCATGCCCATCGAACCCTATGTGCGTACCAACGTGTGGTATGACTTCAGCAATGCCGATGAGGTGAAGCTGGACCAGGTCGACAAGATCTCCAGCTCGCGCTATTCGACCACAGTGGAGTTGGGATTGGGGCTGGTGGCGCGGGTGACGCCTTCGGTGGCGTTGTTCGTCAGCGCCGATTACAGCAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCG > AE015451/4577482‑4577839 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |