| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 1,126,645:1 | +C | 100% | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,126,645 | 1 | . | C | 97.3% | 131.7 / ‑2.5 | 37 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (18/18); total (18/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCAGGGGGTATACCGCCTGCTCGCGGCTGTAGCCATGGGTCCATTCGCCAACCAG > AE015451/1126433‑1126862 | gCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑A‑c > 1:833035/1‑214 (MQ=255)gCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑A‑c < 2:833032/214‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGCGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGgcgcg > 2:1031456/1‑176 (MQ=255) ccAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGGATGCGGGGGGATAGCCACCATCGCATTCGCGGGGAA‑A‑cc > 2:135108/1‑89 (MQ=38) aGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGTGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGCGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCa > 1:367402/1‑179 (MQ=255) agtGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTc < 1:332662/229‑1 (MQ=255) 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aTCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCa > 2:659676/1‑184 (MQ=255) aTCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCa < 1:659679/184‑1 (MQ=255) aTCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCAGGGGGTATACCGCCTGCTCGCGGCTGTAGCCATGGGTCCATTCGCCAACCAg > 1:82204/1‑236 (MQ=255) aTCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGCGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCCCTCGACCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGCTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAgc > 2:264740/1‑159 (MQ=255) cGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCgg < 2:34535/57‑1 (MQ=25) cGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCgg > 1:34536/1‑57 (MQ=25) cGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCAGGGGGTATACCGCCTGCCCGCGGCTGTAGCCATGGGGCCATTcat > 2:718861/1‑225 (MQ=255) ggTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCAGGGGGTATACCGCCTGc < 1:622199/189‑1 (MQ=255) | GCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCAGGGGGTATACCGCCTGCTCGCGGCTGTAGCCATGGGTCCATTCGCCAACCAG > AE015451/1126433‑1126862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |