| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 5,674,753 | G→C | 100% | intergenic (+115/+25) | rhlE‑II → / ← yceI | ATP‑dependent RNA helicase/polyisoprene‑binding protein, acidic stress response factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 5,674,753 | 0 | G | C | 100.0% | 294.4 / NA | 79 | intergenic (+115/+25) | rhlE‑II/yceI | ATP‑dependent RNA helicase/polyisoprene‑binding protein, acidic stress response factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (37/42); total (37/42) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
CAAGCTGGACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGC‑G‑CGCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAG > AE015451/5674545‑5674978 | cAAGCTGGACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAAtt > 1:111988/1‑236 (MQ=255) aaGCTGGACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTa < 1:165776/236‑1 (MQ=255) cgggACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACtt < 1:814022/234‑1 (MQ=255) cGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTg > 2:801401/1‑233 (MQ=255) gTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGtttt > 2:794983/1‑210 (MQ=255) gTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCtt > 1:746420/1‑235 (MQ=255) tCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCtt < 2:825391/232‑1 (MQ=255) tgCCTGAGCCACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCg < 2:759767/235‑1 (MQ=255) aGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAg > 2:395451/1‑198 (MQ=255) aaCTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGat < 1:1013529/235‑1 (MQ=255) aaCTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGat < 1:639690/235‑1 (MQ=255) aaCTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGat < 1:269056/235‑1 (MQ=255) cTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGat < 1:454476/233‑1 (MQ=255) cTGGATGACCTGCCAAGCCGCCAACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCtt < 1:898666/223‑1 (MQ=255) ccTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATAtccaggtcca > 1:51703/1‑236 (MQ=255) ctaccAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATAtccaggtccag < 1:781412/233‑1 (MQ=255) cggCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGatat < 1:146563/224‑1 (MQ=255) tGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGAGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGACGCTCCTGCAGAGAAGTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGGTTTCAGCTGGCAGAAATTACTGCTGCTTCACACCTTCg > 2:660570/1‑215 (MQ=39) gcCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGat < 2:792171/199‑1 (MQ=255) gcCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGat > 1:792174/1‑199 (MQ=255) gcgcTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCtt < 1:1002212/184‑1 (MQ=255) tgACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGc > 2:879219/1‑214 (MQ=255) tgACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGc < 1:879222/214‑1 (MQ=255) tgACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCg > 2:412056/1‑233 (MQ=255) cAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGat < 2:826637/180‑1 (MQ=255) aGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCGGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTc < 1:279225/229‑1 (MQ=255) ggCTGATCGAAGTGCCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGcc < 2:223076/212‑1 (MQ=255) 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cGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCAcccc > 1:96389/1‑235 (MQ=255) caAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATgg > 1:921385/1‑234 (MQ=255) aGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTc < 2:989514/178‑1 (MQ=255) ggCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGc < 2:111986/201‑1 (MQ=255) ggCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCg < 1:820918/220‑1 (MQ=255) tCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCgttcagg < 1:777653/178‑1 (MQ=255) tCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCgttcagg > 2:777650/1‑178 (MQ=255) cTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCgtggtg < 2:394696/188‑1 (MQ=255) 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ccTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGCAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAgcgcgc > 2:169174/1‑176 (MQ=255) ccTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTg > 1:22395/1‑236 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCCCACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTTCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGCAGTCGTTCAGGTTCAGCgt > 2:86901/1‑149 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGc > 1:1071454/1‑178 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGc < 2:1071451/178‑1 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGCAgg > 2:205452/1‑211 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCAc > 1:519116/1‑227 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCAc < 2:519113/227‑1 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTgg > 1:405449/1‑235 (MQ=255) ttGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTgg > 1:928616/1‑235 (MQ=255) agagacaggATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTg < 1:616772/228‑1 (MQ=255) gtgtCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTg < 1:352314/235‑1 (MQ=255) tCGTGATAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCgttcaggttca < 2:956666/140‑1 (MQ=255) tAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCa > 1:672120/1‑236 (MQ=255) tAGGGCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTGCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCgttcag < 2:242147/129‑1 (MQ=255) tAGGGCAGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTGTTCAGCTGGCAGAAATTACGTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCGCCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCAc < 2:161129/216‑1 (MQ=255) gggCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCAt < 1:801404/235‑1 (MQ=255) ggCCGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCg < 2:96387/229‑1 (MQ=255) gCCGCAAAGC‑GTCCCCCTCGGTGTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTGCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTg < 1:83427/192‑1 (MQ=255) cGCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCa < 1:336578/236‑1 (MQ=255) gCAAAGCGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAg > 1:586858/1‑236 (MQ=255) | CAAGCTGGACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGCTGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAGC‑G‑CGCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAG > AE015451/5674545‑5674978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |