| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 5,749,256 | T→C | 5.1% | T242A (ACC→GCC) | typA ← | ribosome associated GTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 5,749,256 | 0 | T | C | 5.1% | 272.9 / 3.0 | 79 | T242A (ACC→GCC) | typA | ribosome associated GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/38); new base C (2/2); total (39/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
AACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACGCGGTGCAGACCGTGGTGACCCATCAGCTTCAGGATACGGCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTAGTCCAGTGCCGAGATCTGCATCTGGAACGGGCCGTCGCGGTCAACAGACGGTGCTGGTACGTTGTCGACGATCGACTGGTACAGCGGGGTCATGTCTTCGGCCATGGCAGTGTGGTCCAGGCCGGCAATGCCGTTCAGGGCCGAGGCGT > AE015451/5749027‑5749489 | aaCGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACGCGGTGCAGACCGTGGTGACCCATCAGCTTCAGGATACGGCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTc > 2:655128/1‑233 (MQ=255) aCGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACGCGGTGCAGACCGTGGTGACCCATCAGCTTCAGGATACGGCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGAt < 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ggTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACGCGGTGCAGACCGTGGTGACCCATCAGCTTCAGGATACGGCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCaa > 1:249156/1‑236 (MQ=255) cATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACGCGGTGCAGACCGTGGTGACCCATCAGCTTCAGGATACGGCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACg > 1:1051337/1‑235 (MQ=255) tCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACGCGGTGCAGACCGTGGTGACCCATCAGCTTCAGGATACGGCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGgtg > 1:54082/1‑167 (MQ=255) cGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACGCGGTGCAGACCGTGGTGACCCATCAGCTTCAGGATACGGCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCggggc > 1:134784/1‑185 (MQ=255) 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cggttACGGCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTAGTCCAGTGCCGAGATCTGCATCTGGAACGGGCCGTCGCGGTCAACAGACGGTGCt < 1:41356/167‑1 (MQ=255) gATACGGCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTAGGCTTGACGCGGCCACggg > 2:348700/1‑74 (MQ=255) ggCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTAGTCCAGTGCCGAGATCTGCATCTGGAACGGGCCGt < 2:714500/144‑1 (MQ=255) ccGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTAGTCCAGTGCCGAGATCTGCATCTGGAACGGGCCGTCGCGGTCAACAGACGGTGCTGGTACGTTGTCGACGATCGACTGGTACAGCGGGGTCATGTCTTCGGCCATGGCAGGGTGGTCCAGGCCg > 2:1056284/1‑231 (MQ=255) ttACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTAGTCCAGTGCCGAGATCTGCATCTGGAACGGGCCGTCGCGGTCAACAGACGGTGCTGGTACGTTGTCGACGATCGACTGGTACAGCggg > 2:386255/1‑192 (MQ=255) ttACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTAGTCCAGTGCCGAGATCTGCATCTGGAACGGGCCGTCGCGGTCAACAGACGGTGCTGGTACGTTGTCGACGATCGACTGGTACAGCGGGGTCATGTCTTCGGCCATGGCAGTGTGGTCCAGGCCGGCAATGcc > 1:366623/1‑236 (MQ=255) tACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTAGTCCAGTGCCGAGATCTGCATCTGGAACGGGCCGTCGCGGTCAACAGACGGTGCTGGTACGTTGTCGACGATc < 1:70695/176‑1 (MQ=255) aCGCTTCTTGCCGTCGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTAGTCCAGTGCCGAGATCTGCATCTGGAACGGGCCGTc < 2:504920/138‑1 (MQ=255) cGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTa < 1:134856/101‑1 (MQ=255) cGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTa > 2:134854/1‑101 (MQ=255) cttcttTCCGTTGCTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTGGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAAc > 2:960929/1‑81 (MQ=255) 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gtgtCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTAGTCCAGTGCCGAGATCTGCATCTGGAACGGGCCGTCGCGGTCAACAGACGGTGCTGGTACGTTGTCGACGATCGACTGGTACAGCGGGGTCATGTCTTCGGCCATGGCAGTGTGGTCCAGGCCGGCAATGCCGTTCAGGGCCGAGGCGt < 1:359525/235‑1 (MQ=255) | AACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACGCGGTGCAGACCGTGGTGACCCATCAGCTTCAGGATACGGCCGTTACGCTTCTTGCCGTTGGTGTCGATGGCGACAACCGGGGTGTTCGGCTTGACGCGGCCACGGGCGATGCGGCCAACACCGATAACGCCGAGGAAGCTGTTGTAGTCCAGTGCCGAGATCTGCATCTGGAACGGGCCGTCGCGGTCAACAGACGGTGCTGGTACGTTGTCGACGATCGACTGGTACAGCGGGGTCATGTCTTCGGCCATGGCAGTGTGGTCCAGGCCGGCAATGCCGTTCAGGGCCGAGGCGT > AE015451/5749027‑5749489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |