Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | AE015451 | 65,069 | G→T | 5.7% | G43C (GGC→TGC) | betA‑I → | choline dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 65,069 | 0 | G | T | 5.7% | 247.7 / 5.7 | 71 | G43C (GGC→TGC) | betA‑I | choline dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/41); new base T (2/2); total (28/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 |
CCTGTGCTAAAACGCACAGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACGGCATGATCTACATGCGGGGCCAAGCCGCCGACTACGACCATTGGGCC > AE015451/64843‑65281 | ccTGTGCTAAAACGCACAGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGcc > 2:29743/1‑230 (MQ=255) cTGTGCTAAAACGCACAGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGa > 1:1040472/1‑233 (MQ=255) cTGTGCTAAAACGCACAGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGAc < 2:793534/234‑1 (MQ=255) cTGTGCTAAAACGCACAGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACaa > 1:604859/1‑236 (MQ=255) cTGTGCTAAAACGCACAGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACaa > 1:468936/1‑236 (MQ=255) cTAAAACGCACAGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTTGCCgatg > 2:826453/1‑225 (MQ=255) cTAAAACGCACAGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTTGCCgatg < 1:826456/228‑4 (MQ=255) aGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACaa < 1:1027736/220‑1 (MQ=255) aGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACaa > 2:1027733/1‑220 (MQ=255) aGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATc < 2:1065672/233‑1 (MQ=255) gCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTa < 2:696158/222‑1 (MQ=255) gCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATcc < 1:29744/236‑1 (MQ=255) gcgAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTg > 1:151911/1‑207 (MQ=255) ccACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATc < 1:911044/235‑1 (MQ=255) gAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGTCa < 1:273924/235‑1 (MQ=255) aTTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAAccc < 1:427254/236‑1 (MQ=255) aGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGAc < 1:574425/235‑1 (MQ=255) gATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACaa > 2:474884/1‑173 (MQ=255) gATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTg > 1:430094/1‑236 (MQ=255) gggACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTTGc > 2:751999/1‑157 (MQ=255) gggACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTTGc < 1:752002/157‑1 (MQ=255) gggACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGc > 2:1076136/1‑157 (MQ=255) gggACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGc < 1:1076139/157‑1 (MQ=255) gggACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCCCTACTg > 2:415719/1‑204 (MQ=255) gACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCg > 2:530982/1‑186 (MQ=255) gACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCg < 1:530985/186‑1 (MQ=255) cAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGAc > 1:76565/1‑236 (MQ=255) tAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCaa < 2:472515/227‑1 (MQ=255) aCAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATcc < 1:788137/169‑1 (MQ=255) cgcgAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACaa > 1:550741/1‑144 (MQ=255) gcgAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCcgc < 2:549228/196‑1 (MQ=255) gTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCg < 2:1087971/161‑1 (MQ=255) tGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTcggc < 2:1040469/233‑1 (MQ=255) cccaTGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGt < 2:286718/160‑1 (MQ=255) caTGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTg < 1:999113/158‑1 (MQ=255) aTCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTgg > 1:885549/1‑236 (MQ=255) cAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGt > 1:546532/1‑236 (MQ=255) ccGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGGGGCCg > 1:271362/1‑115 (MQ=255) cGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTcggcg < 2:1079469/218‑1 (MQ=255) gATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGt < 2:596456/147‑1 (MQ=255) tCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGtt < 2:983863/137‑1 (MQ=255) ttgTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCa < 2:164532/145‑1 (MQ=255) ggTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAg > 2:811410/1‑219 (MQ=255) tAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTGACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAggg < 1:578976/216‑1 (MQ=255) gggCCGTCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATc < 2:158881/134‑1 (MQ=255) ccggccCCGCCGGATGCCTGCTGGCCCATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGcaca < 1:216876/172‑1 (MQ=255) ggccCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGa > 1:29162/1‑160 (MQ=255) ggccCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCg < 2:245993/163‑1 (MQ=255) ccccGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTcgc > 2:732739/1‑187 (MQ=255) ccccGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTcgc < 1:732742/187‑1 (MQ=255) ccccGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTACGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGcac > 2:654795/1‑141 (MQ=255) gCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAggg < 2:626672/195‑1 (MQ=255) tgctgGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCa < 2:326656/117‑1 (MQ=255) tgGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATc > 1:537014/1‑110 (MQ=255) tgGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATc < 2:537011/110‑1 (MQ=255) tCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTg < 2:239038/126‑1 (MQ=255) tacgccgACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGAGCCACACCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACGGCATGATCTACATGCGGGGCCAAg < 1:178428/230‑1 (MQ=255) aCCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTg > 2:338300/1‑109 (MQ=255) aCCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAg < 1:343056/125‑1 (MQ=255) aCCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAgggg > 2:373756/1‑169 (MQ=255) aCCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACGGCATGATCTACATGCGGGGCCAAGCCGCCGAc < 2:618868/233‑1 (MQ=255) cctCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACGGCATGATCTACATGCGGGGCCAAg < 1:239541/220‑1 (MQ=255) cTGCCGCGTGCTGCTGCTGGGGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAgggg < 2:280440/162‑1 (MQ=255) gCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTcgc < 1:761860/140‑1 (MQ=255) tgctgctgGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACGGCATGATCTACATGCGGGGCCAAgcc < 2:455533/209‑1 (MQ=255) tgctgctgGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACGGCATGATCTACATGCGGGGCCAAgcc > 1:455536/1‑209 (MQ=255) gctgctgGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACg < 2:555044/182‑1 (MQ=255) gAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACg > 2:689863/1‑175 (MQ=255) gAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACg < 1:689866/175‑1 (MQ=255) gggTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCGGGCCTcggc > 2:821457/1‑112 (MQ=255) ggTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACGGCATGATCTACATGCGGGGCCAAGCCGCCGACTACGACCATTGGGcc < 2:999451/216‑1 (MQ=255) | CCTGTGCTAAAACGCACAGCGGCTGCGCGAAATCTCGTGTTTCATCCACGAAATTACTCACTAAGATGGATCGGGACAAGAATAAAAAACAGGCGCGAGGTTGCACATGCCATCAGCCGATTCTGTCTTCGACTACGTGGTCGTAGGGGCCGGCCCCGCCGGATGCCTGCTGGCCAATCGTTTGTCCGCCGACCCTTCCTGCCGCGTGCTGCTGCTGGAGGCGGGTGGCCGTGACAATTATCCCTGGATCCACATCCCCGTTGGTTACCTCTACTGCATCGGCAACCCGCGCACAGACTGGTGCTTCAAGACCGAGGCACAACCTGGCCTCGGCGGTCGCGCTTTGGGTTATCCAAGGGGCAAGGTGCTAGGTGGCTGTTCGTCGATCAACGGCATGATCTACATGCGGGGCCAAGCCGCCGACTACGACCATTGGGCC > AE015451/64843‑65281 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |